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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_004889
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 149615699-149618759 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1722 bp · LXL04_004889|LXL04_004889|OH1004|cDNA

ATGGGTACACTCACAAGCTGTAGTTTTACTAGTACACTGAATTTAGGGTTCCGTTTGAGACCTAATCGTATCGATTCGGCGGAAAGATTGCGACTTTACAACAGGGGAAATGATGGGTCCAGGAAGAACAATTATATTTTGTCTAGTAGAGAGCTTTTATCGAAAAAGAGGCGGCGGATTATAGGTTTAGATAGTGATAATAAGGGGTTTATTGCGGGATTTGAGTGTTCTGCTAGTGGCCGTGATGATAATAATAGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1722 bp · LXL04_004889|LXL04_004889|OH1004|CDS

ATGGGTACACTCACAAGCTGTAGTTTTACTAGTACACTGAATTTAGGGTTCCGTTTGAGACCTAATCGTATCGATTCGGCGGAAAGATTGCGACTTTACAACAGGGGAAATGATGGGTCCAGGAAGAACAATTATATTTTGTCTAGTAGAGAGCTTTTATCGAAAAAGAGGCGGCGGATTATAGGTTTAGATAGTGATAATAAGGGGTTTATTGCGGGATTTGAGTGTTCTGCTAGTGGCCGTGATGATAATAATAGTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

573 aa · LXL04_004889|LXL04_004889|OH1004|PROTEIN

MGTLTSCSFTSTLNLGFRLRPNRIDSAERLRLYNRGNDGSRKNNYILSSRELLSKKRRRIIGLDSDNKGFIAGFECSASGRDDNNSNDTSGNDGVEDDDMSKDSNLATISPEETTAGGKTDSEKPVPPPTISSRPPTISPIGSTYNNFHVDSFKLMELLGPEKVDPNDVKLIKDALFGYSTFWVTKEEPFGDLGEGILFLGNLRGNREEVFTKLQSQLAEIMGDKYNLFMVEEPNSEGDDPRGGPRVSFGMLRKEVSEPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_004889
TK1151 IDTkA01G098920
OH-1004 IDLXL04_004889
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.371 / OH-1004 52.705
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_004889
位置Chr01:149615699-149618759 (-)
描述Similar to EGY1: Probable zinc metalloprotease EGY1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g35220 叶绿体中类囊体基粒和组织良好的片层发育所需的膜相关且不依赖于 ATP 的金属蛋白酶。
EGY1 encodes a membrane-associated and ATP-independent metalloprotease that is required for chloroplast development.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02308.x
EGY1 plays a role in regulation of endodermal plastid size and number that are involved in ethylene-dependent gravitropism of light-grown Arabidopsis hypocotyls.2008 · DOI: 10.1007/s11103-007-9273-5
Arabidopsis plastid AMOS1/EGY1 integrates abscisic acid signaling to regulate global gene expression response to ammonium stress.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.206508
At5g35210 膜结合转录因子，参与质体到细胞核的逆向信号传导所必需。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0792400 可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。 暂无已核实直接文献
Os01g0142100 可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。 暂无已核实直接文献
UniProt: B8AD72 可能的膜相关金属蛋白酶，可能参与叶绿体发育。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004889 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009959 negative gravitropism 生物过程
GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0043157 response to cation stress 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G35210
ath:AT5G35220
dosa:Os01g0142100
dosa:Os03g0792400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.981
排名 1 · LXL04_004889 · OH-1004
线粒体0.022
排名 2 · LXL04_004889 · OH-1004
细胞核0.016
排名 3 · LXL04_004889 · OH-1004
细胞质0.013
排名 4 · LXL04_004889 · OH-1004
细胞膜0.011
排名 5 · LXL04_004889 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27677.1EGY3_M170-254 aa
PF02163.29Peptidase_M50326-485 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_004889PF27677.1EGY3_M1702541.3e-2589.8
LXL04_004889PF02163.29Peptidase_M503264852.8e-1763.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q949Y5拟南芥Probable zinc metalloprotease EGY1, chloroplastic67.863%Swiss-Prot强数据库同源证据
F4JYC8拟南芥DDT domain-containing protein PTM81.212%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q852K0水稻Probable zinc metalloprotease EGY1, chloroplastic77.130%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0JQS5水稻Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic30.155%Swiss-Prot中等数据库同源证据
B8AD72水稻Probable zinc metalloprotease EGY2, chloroplastic30.155%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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