LXL04_004876 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004876

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 149268254-149273894 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

912 bp · LXL04_004876|LXL04_004876|OH1004|cDNA

ATGAACGACCTCTTATCCAAAGCAAACAGTCCCCAAAGATGCAGTTATGGCGGTGGAGATATTGAAACGGGAAGGCAATCTGGAGAATTAGACTTGGATGAACATTTCAGGAAGGTTCAAGCCATAGAGAAAGAATTTGAGAAGCTTAATAAACTTCTAAAGAAACTACAGGACGCTCATGAAGAATCAAAATCTGTAACCAAGGCTGCTGCAATGAAAGCAATCAAGAAACGAATGGAGAATGATGTTGAAGAAGTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

912 bp · LXL04_004876|LXL04_004876|OH1004|CDS

ATGAACGACCTCTTATCCAAAGCAAACAGTCCCCAAAGATGCAGTTATGGCGGTGGAGATATTGAAACGGGAAGGCAATCTGGAGAATTAGACTTGGATGAACATTTCAGGAAGGTTCAAGCCATAGAGAAAGAATTTGAGAAGCTTAATAAACTTCTAAAGAAACTACAGGACGCTCATGAAGAATCAAAATCTGTAACCAAGGCTGCTGCAATGAAAGCAATCAAGAAACGAATGGAGAATGATGTTGAAGAAGTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

303 aa · LXL04_004876|LXL04_004876|OH1004|PROTEIN

MNDLLSKANSPQRCSYGGGDIETGRQSGELDLDEHFRKVQAIEKEFEKLNKLLKKLQDAHEESKSVTKAAAMKAIKKRMENDVEEVGRVARFIKAKIQELDRENLANRQKPGCGQGTGVERSRTATTLALKKKFKSKVTGFQALRENIHQEYREVVERRVFTVTGTRADEETIDQLIETGNSEQIYQKAIQQQGRGQVIDTLAEIQERHDAVIEVERKLLELHQIFSDLSILVDAQGEILDNIETQVSSAVEHVQSGNRT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004876`
TK1151 ID	TkA01G100480
OH-1004 ID	LXL04_004876
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004876

位置 Chr01:149268254-149273894 (-)

描述 Similar to SYP131: Putative syntaxin-131

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03800`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g08080`	囊泡运输蛋白，在分泌途径中发挥作用（可能）。	Syntaxin of plant proteins SYP123 and SYP132 mediate root hair tip growth in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu048 Concerted Action of Evolutionarily Ancient and Novel SNARE Complexes in Flowering-Plant Cytokinesis.2018 · DOI: 10.1016/j.devcel.2017.12.027 Unusual Roles of Secretory SNARE SYP132 in Plasma Membrane H+-ATPase Traffic and Vegetative Plant Growth.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00266
`At1g11250`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g61290`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0164300`	参与分泌途径的小泡转运蛋白（根据相似性推测）。	The Rice Qa-SNAREs in SYP13 Subfamily Are Involved in Regulating Arbuscular Mycorrhizal Symbiosis and Seed Fertility.2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.898286

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004876 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009504 cell plate 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11250

ath:AT1G61290

ath:AT5G08080

dosa:Os07g0164300

osa:4342474

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.676

排名 1 · LXL04_004876 · OH-1004

细胞质0.271

排名 2 · LXL04_004876 · OH-1004

高尔基体0.077

排名 3 · LXL04_004876 · OH-1004

内质网0.077

排名 4 · LXL04_004876 · OH-1004

溶酶体／液泡0.076

排名 5 · LXL04_004876 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00804.32Syntaxin31-190 aa

PF05739.27SNARE204-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004876	`PF00804.32`	Syntaxin	31	190	2.8e-48	164.4
LXL04_004876	`PF05739.27`	SNARE	204	281	1.1e-25	90.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRV7`	拟南芥	Putative syntaxin-131	67.114%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VZU2`	拟南芥	Syntaxin-132	70.504%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SXB0`	拟南芥	Syntaxin-125	45.683%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64791`	拟南芥	Syntaxin-124	42.244%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XIE2`	水稻	Syntaxin-132	61.871%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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