LXL04_004771 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004771

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 145741920-145746275 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2364 bp · LXL04_004771|LXL04_004771|OH1004|cDNA

ATGGGAGCGAGTAGAAAGCTTCAAGGCGAGATCGATCGGGTATTGAAGAAAGTCCAGGAAGGAGTTTACGATACTGACAATGCCAATCAGAAGGAGAAATTTGAAGCCGATTTGAAGAAGGAGATCAAGAAACTTCAGAGGTACAGAGACCAGATTAAGACATGGATACAGTCCAGCGAGATCAAGGATAAAAAGGCTCTAATGGATGCTCGTAAGCTTATCGAAAAAGAAATGGAACGATTTAAGATATGTGAAAAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2364 bp · LXL04_004771|LXL04_004771|OH1004|CDS

ATGGGAGCGAGTAGAAAGCTTCAAGGCGAGATCGATCGGGTATTGAAGAAAGTCCAGGAAGGAGTTTACGATACTGACAATGCCAATCAGAAGGAGAAATTTGAAGCCGATTTGAAGAAGGAGATCAAGAAACTTCAGAGGTACAGAGACCAGATTAAGACATGGATACAGTCCAGCGAGATCAAGGATAAAAAGGCTCTAATGGATGCTCGTAAGCTTATCGAAAAAGAAATGGAACGATTTAAGATATGTGAAAAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

787 aa · LXL04_004771|LXL04_004771|OH1004|PROTEIN

MGASRKLQGEIDRVLKKVQEGVYDTDNANQKEKFEADLKKEIKKLQRYRDQIKTWIQSSEIKDKKALMDARKLIEKEMERFKICEKETKTKAFSKEGLGQQPKTDPKEKAKSETRDWMNNTVSQLESQIDSFEAELEGLSVKKGKARPPRLTHLETSINRHKAHIMKLELILRLLDNDELSPEQVNDVKDFLDDYVDRNQEDFDEFDDVDELYNTLPLDKVESLEDLVTIGPPGIVKAVGSTAAVLTIKSPLSTSAQMPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004771`
TK1151 ID	TkA01G112890
OH-1004 ID	LXL04_004771
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.019 / OH-1004 52.478 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_004771`
位置	Chr01:145741920-145746275 (-)
描述	Similar to CNOT3: CCR4-NOT transcription complex subunit 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004771` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程 GO:0006417 regulation of translation 生物过程 GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程 GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0033147 negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程 GO:0120162 positive regulation of cold-induced thermogenesis 生物过程 GO:2000036 regulation of stem cell population maintenance 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:4849 mmu:232791 spo:2542126 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.553

排名 1 · LXL04_004771 · OH-1004

细胞质0.472

排名 2 · LXL04_004771 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 3 · LXL04_004771 · OH-1004

内质网0.036

排名 4 · LXL04_004771 · OH-1004

高尔基体0.033

排名 5 · LXL04_004771 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04065.21Not34-218 aa

PF04153.25NOT2_3_5_C618-731 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004771	`PF04065.21`	Not3	4	218	1.8e-75	254.0
LXL04_004771	`PF04153.25`	NOT2_3_5_C	618	731	5.5e-30	104.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情