LXL04_004734 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004734

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 144997459-144999440 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1212 bp · LXL04_004734|LXL04_004734|OH1004|cDNA

ATGGAAGGAGGAACGATGGTGGCGAACGACGGAGATGAGGCGTTGATCGGCTTGCCTCCTGGATTTAGATTTCATCCGACGGACGAGGAGATAATAACTCATTATCTTACACCTAAAGTTGTCAACAGAAACTTCAGCGCTAGCGCCATCGGAGAAGTTGATCTGAATAAGTGTGAACCCTGGGATTTACCTCGGAGAGCAAAGATGGGGGAGAAGGAATGGTTCTTCTTTTGTCAAAGAGACAGAAAGTATCCGACGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · LXL04_004734|LXL04_004734|OH1004|CDS

ATGGAAGGAGGAACGATGGTGGCGAACGACGGAGATGAGGCGTTGATCGGCTTGCCTCCTGGATTTAGATTTCATCCGACGGACGAGGAGATAATAACTCATTATCTTACACCTAAAGTTGTCAACAGAAACTTCAGCGCTAGCGCCATCGGAGAAGTTGATCTGAATAAGTGTGAACCCTGGGATTTACCTCGGAGAGCAAAGATGGGGGAGAAGGAATGGTTCTTCTTTTGTCAAAGAGACAGAAAGTATCCGACGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

403 aa · LXL04_004734|LXL04_004734|OH1004|PROTEIN

MEGGTMVANDGDEALIGLPPGFRFHPTDEEIITHYLTPKVVNRNFSASAIGEVDLNKCEPWDLPRRAKMGEKEWFFFCQRDRKYPTGMRTNRATDSGYWKATGKDKEIHKKGKAMGKLVGMKKTLVFYKGRAPKGEKTNWVMHEFRLEGDFSYYNMSRASKEEWVVCRIVQKSTEIRRNPNTDVHSNHGIGSFVDELLDSPPWMPPLMDTPGPHFDPNKPGSSYKNNITNNHNENSNLEKFKGLVDNENENYPSYFSHNH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004734`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004734

位置 Chr01:144997459-144999440 (+)

描述 Similar to NAC087: NAC domain-containing protein 87

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18270`	结合于参与叶绿素分解过程基因的启动子区域，如NYC1、SGR1、SGR2和PAO。	暂无已核实直接文献
`At3g04060`	转录激活因子，作为叶片衰老的正向调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g61430`	结合于参与叶绿素分解过程基因的启动子区域，如NYC1、SGR1、SGR2和PAO。	暂无已核实直接文献
`At5g39610`	转录激活因子，可结合靶基因启动子上的特定双部分基序 5'-[ACG][CA]GT[AG](5-6n)[CT]AC[AG]-3'。	The delayed leaf senescence mutants of Arabidopsis, ore1, ore3, and ore9 are tolerant to oxidative stress.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch110 Trifurcate feed-forward regulation of age-dependent cell death involving miR164 in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1126/science.1166386 Forward and reverse genetics to identify genes involved in the age-related resistance response in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1364-3703.2009.00557.x A gene regulatory network controlled by the NAC transcription factor ANAC092/AtNAC2/ORE1 during salt-promoted senescence.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04151.x ORS1, an H₂O₂-responsive NAC transcription factor, controls senescence in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq080 NAC transcription factor ORE1 and senescence-induced BIFUNCTIONAL NUCLEASE1 (BFN1) constitute a regulatory cascade in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst012 ORE1 balances leaf senescence against maintenance by antagonizing G2-like-mediated transcription.2013 · DOI: 10.1038/embor.2013.24
`At5g07680`	含NAC结构域的蛋白79。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004734 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04060

ath:AT5G07680

ath:AT5G18270

ath:AT5G39610

ath:AT5G61430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · LXL04_004734 · OH-1004

细胞质0.089

排名 2 · LXL04_004734 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_004734 · OH-1004

内质网0.034

排名 4 · LXL04_004734 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_004734 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02365.21NAM19-147 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004734	`PF02365.21`	NAM	19	147	9.3e-51	172.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FK44`	拟南芥	NAC domain-containing protein 87	62.996%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SQQ6`	拟南芥	NAC domain-containing protein 46	61.607%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLJ2`	拟南芥	NAC domain-containing protein 100	43.432%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKA0`	拟南芥	NAC domain-containing protein 92	52.708%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLR3`	拟南芥	NAC domain-containing protein 79	61.307%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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