LXL04_004720 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004720

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 144694387-144696667 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1476 bp · LXL04_004720|LXL04_004720|OH1004|cDNA

ATGACTCGTGTGTTTGTTCAGAGAGGTTCATCTGCCGCTGGGTCTTCTTCATCGTCTAATAATGCAAACAGGTCGAGTTCTTCGTCTTCATCGAGTCAACCTCTGGCTCAGGTTACAGGGGACGACGTTCAAGAACAAGTTATTTCCGAAGATCTTCCTGTAGAAACTACTGAAATTGATCGAATCGATGCTCTCGACGTACCCACCACTGATAAAATCGAAGACGAAACTGTCTCAGAAGATCTTTTAAAAAGAATCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1476 bp · LXL04_004720|LXL04_004720|OH1004|CDS

ATGACTCGTGTGTTTGTTCAGAGAGGTTCATCTGCCGCTGGGTCTTCTTCATCGTCTAATAATGCAAACAGGTCGAGTTCTTCGTCTTCATCGAGTCAACCTCTGGCTCAGGTTACAGGGGACGACGTTCAAGAACAAGTTATTTCCGAAGATCTTCCTGTAGAAACTACTGAAATTGATCGAATCGATGCTCTCGACGTACCCACCACTGATAAAATCGAAGACGAAACTGTCTCAGAAGATCTTTTAAAAAGAATCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

491 aa · LXL04_004720|LXL04_004720|OH1004|PROTEIN

MTRVFVQRGSSAAGSSSSSNNANRSSSSSSSSQPLAQVTGDDVQEQVISEDLPVETTEIDRIDALDVPTTDKIEDETVSEDLLKRISGLRVNEEEEEKDVKKSDDYPSQTTSVSPHPPPPPAPPTPPPKPSTTSNSRRFTPGNSASLRIGSSRRATAWPVVSTGSPRSHPENDGYNSADEQNPCYGSSYNDAERERQFEIDIRRTKGYEVKRMSEDGNCLFRAVADQVYGDSEAYDLARQMCIDYMERERDHFSQFITEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004720`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004720

位置 Chr01:144694387-144696667 (+)

描述 Similar to OTU6: OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27350`	水解酶，可在体外从蛋白质上移除结合的泛素，因此可能通过防止降解在蛋白质周转水平上发挥重要调控作用。	Involvement of KDM1C histone demethylase-OTLD1 otubain-like histone deubiquitinase complexes in plant gene repression.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1014030108 Distinct phylogenetic relationships and biochemical properties of Arabidopsis ovarian tumor-related deubiquitinases support their functional differentiation.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00084 The histone deubiquitinase OTLD1 targets euchromatin to regulate plant growth.2016 · DOI: 10.1126/scisignal.aaf6767 Activation of gene expression by histone deubiquitinase OTLD1.2017 · DOI: 10.1080/15592294.2017.1348446

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001817 regulation of cytokine production 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程

GO:0032700 negative regulation of interleukin-17 production 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27350

dre:555459

mmu:54644

rno:363452

xtr:448134

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.570

排名 1 · LXL04_004720 · OH-1004

细胞核0.414

排名 2 · LXL04_004720 · OH-1004

细胞膜0.132

排名 3 · LXL04_004720 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 4 · LXL04_004720 · OH-1004

内质网0.056

排名 5 · LXL04_004720 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02338.26OTU216-325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004720	`PF02338.26`	OTU	216	325	1.1e-18	68.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIP2`	拟南芥	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 6	71.164%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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