LXL04_004581 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004581

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 140980457-140981419 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

963 bp · LXL04_004581|LXL04_004581|OH1004|cDNA

ATGGCGGCCCACCCAAACTACTGTTTCTCAAACACGTTTGAAGATGTTCTTGCATCCTCCCTACAATTACCAACCAACGATtccatcatcttcaacctctCGATCCTCAGAGACAAGTCCCAACAAGTTCAATCCATGGCCAACATGTTGTTCGCCCAAACACAAACTCAATCCATAGCCTCTAACTCAACCTCCATTAACATCGACAGCGTCGCCGGTTTGCTCCAAGAAATCATCGCGATAGCTTCTAACGTCATGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · LXL04_004581|LXL04_004581|OH1004|CDS

ATGGCGGCCCACCCAAACTACTGTTTCTCAAACACGTTTGAAGATGTTCTTGCATCCTCCCTACAATTACCAACCAACGATTCCATCATCTTCAACCTCTCGATCCTCAGAGACAAGTCCCAACAAGTTCAATCCATGGCCAACATGTTGTTCGCCCAAACACAAACTCAATCCATAGCCTCTAACTCAACCTCCATTAACATCGACAGCGTCGCCGGTTTGCTCCAAGAAATCATCGCGATAGCTTCTAACGTCATGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · LXL04_004581|LXL04_004581|OH1004|PROTEIN

MAAHPNYCFSNTFEDVLASSLQLPTNDSIIFNLSILRDKSQQVQSMANMLFAQTQTQSIASNSTSINIDSVAGLLQEIIAIASNVMFACQNIGITQIDNTYNNATLDFDQISQPTTMFKWSDGGIDQKTSGSVSFNTKNEETGLGYDYDIVEMDAADLLAKYTHYCQVCGKGFKRDANLRMHMRAHGDEYKSNAALANPMASNGGKKMKPARKYSCPQEGCRWNRKHEKFQPLKSMVCMKNHYKRSHCPKMYSCKRCQQK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004581`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004581

位置 Chr01:140980457-140981419 (+)

描述 Similar to STOP2: Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22890`	可能的转录因子。	STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116
`At1g34370`	可能的转录因子。	Zinc finger protein STOP1 is critical for proton tolerance in Arabidopsis and coregulates a key gene in aluminum tolerance.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0700117104 Aluminum-activated citrate and malate transporters from the MATE and ALMT families function independently to confer Arabidopsis aluminum tolerance.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03696.x STOP1 regulates multiple genes that protect arabidopsis from proton and aluminum toxicities.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134700 STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116
`At5g60470`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0871200`	可能参与铝耐受的概率转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os12g0170400`	转录激活因子，调控参与铝（Al）耐受性的基因表达。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004581 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0010447 response to acidic pH 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071453 cellular response to oxygen levels 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:1900037 regulation of cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34370

ath:AT5G22890

ath:AT5G60470

dosa:Os01g0871200

dosa:Os12g0170400

osa:4324940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977

排名 1 · LXL04_004581 · OH-1004

细胞质0.084

排名 2 · LXL04_004581 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_004581 · OH-1004

内质网0.013

排名 4 · LXL04_004581 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_004581 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23115.2zf-C2H2_STOP2_3rd214-248 aa

PF22995.3C2CH-3rd_BIRD-IDD252-276 aa

PF23118.3zf-C2H2_STOP2_C279-307 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004581	`PF23115.2`	zf-C2H2_STOP2_3rd	214	248	6.2e-22	78.0
LXL04_004581	`PF22995.3`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	252	276	5.3e-06	26.7
LXL04_004581	`PF23118.3`	zf-C2H2_STOP2_C	279	307	3.8e-19	68.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WT24`	拟南芥	Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 2	50.637%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C8N5`	拟南芥	Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1	39.329%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JYZ8`	拟南芥	Protein indeterminate-domain 13	33.557%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q943I6`	水稻	Zinc finger protein STOP1 homolog	62.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QX40`	水稻	Zinc finger protein STAR3	38.365%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情