LXL04_004521 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004521

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 139116175-139121625 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3243 bp · LXL04_004521|LXL04_004521|OH1004|cDNA

ATGACCAACATTCTGGTTTTCATCATCTTCCTTGCGATCATATTGGGGATAAAATCGCCGGGGCCGTTAAGTCATCTGGCCACCGCCCAACAGTACCCTGATCCGGAAACCCTGAAGAAAGATCCCGCCAAATTACAAGAGGCCACAAAATCCATCTATACTCGATTCAATTCGCTATCCTCACTTTTCCATGAAGATGCCATGGATGATTTTAGCTTCTGCATGAAAAACATAACTGCCGAGTGGAATGAAGCTTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3243 bp · LXL04_004521|LXL04_004521|OH1004|CDS

ATGACCAACATTCTGGTTTTCATCATCTTCCTTGCGATCATATTGGGGATAAAATCGCCGGGGCCGTTAAGTCATCTGGCCACCGCCCAACAGTACCCTGATCCGGAAACCCTGAAGAAAGATCCCGCCAAATTACAAGAGGCCACAAAATCCATCTATACTCGATTCAATTCGCTATCCTCACTTTTCCATGAAGATGCCATGGATGATTTTAGCTTCTGCATGAAAAACATAACTGCCGAGTGGAATGAAGCTTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1080 aa · LXL04_004521|LXL04_004521|OH1004|PROTEIN

MTNILVFIIFLAIILGIKSPGPLSHLATAQQYPDPETLKKDPAKLQEATKSIYTRFNSLSSLFHEDAMDDFSFCMKNITAEWNEAFDFSSDTKFLSNCIQKTNGNILQRLCTAADIKFYVTVLSEAERQGFKITNYIKGNKNCNLKSWVSGCEPGWACSVEKDTEVDLKNKEEIPFRTTDCEPCCEGFFCPTGLTCMIPCPSGSYCPLARLNPKTNMCDPYRYQPPPGENNHSCGGADVWAAVVNSREVFCPAGFFCPSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004521`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004521

位置 Chr01:139116175-139121625 (+)

描述 Similar to ABCG28: ABC transporter G family member 28

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60740`	ABC转运蛋白G家族成员28。	暂无已核实直接文献
`At2g37010`	推定白-棕复合体同源蛋白30。	暂无已核实直接文献
`At1g53390`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 24。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B9G5Y5`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 25。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015846 polyamine transport 生物过程

GO:0015878 biotin transport 生物过程

GO:0032218 riboflavin transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0097744 renal urate salt excretion 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53390

ath:AT2G37010

ath:AT5G60740

dosa:Os10g0442900

mcc:574307

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.760

排名 1 · LXL04_004521 · OH-1004

细胞质0.145

排名 2 · LXL04_004521 · OH-1004

内质网0.095

排名 3 · LXL04_004521 · OH-1004

溶酶体／液泡0.066

排名 4 · LXL04_004521 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 5 · LXL04_004521 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran498-648 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7677-1080 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004521	`PF00005.34`	ABC_tran	498	648	3.3e-26	93.2
LXL04_004521	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	677	1080	2.5e-191	636.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FF46`	拟南芥	ABC transporter G family member 28	60.409%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJK6`	拟南芥	Putative white-brown complex homolog protein 30	58.879%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MAG3`	拟南芥	ABC transporter G family member 24	55.305%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9G5Y5`	水稻	ABC transporter G family member 25	48.549%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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