LXL04_004436 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004436

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 136033260-136037757 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1965 bp · LXL04_004436|LXL04_004436|OH1004|cDNA

ATGTCATCTCTTGATGTACCCTCACATGTTTCTCTCTCTAGAATTATCTCTCTTTGCTCTCCAGTATCCAGCTTCTCTCAATCTTCTTCGCTCCTCCTTCCAAATTCCTCATCCAGTCTATCTCTTTGTCTATCAGCCGTATCTCTTCACCGCCGCCGTTGTAAAACCACTATCTCATCGTGTAGTCCATCGGAAGGAGAGTTTGAATCAGTAGACGAAGAACTAGCGGGAATTGAAGATGATGTGGAGTCCGATTTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1965 bp · LXL04_004436|LXL04_004436|OH1004|CDS

ATGTCATCTCTTGATGTACCCTCACATGTTTCTCTCTCTAGAATTATCTCTCTTTGCTCTCCAGTATCCAGCTTCTCTCAATCTTCTTCGCTCCTCCTTCCAAATTCCTCATCCAGTCTATCTCTTTGTCTATCAGCCGTATCTCTTCACCGCCGCCGTTGTAAAACCACTATCTCATCGTGTAGTCCATCGGAAGGAGAGTTTGAATCAGTAGACGAAGAACTAGCGGGAATTGAAGATGATGTGGAGTCCGATTTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

654 aa · LXL04_004436|LXL04_004436|OH1004|PROTEIN

MSSLDVPSHVSLSRIISLCSPVSSFSQSSSLLLPNSSSSLSLCLSAVSLHRRRCKTTISSCSPSEGEFESVDEELAGIEDDVESDFEDVSDEKLDVDELELEAEKAVREYSLSLSKELKIEEEPVADKETRGRRKMRESIKVVNIPDHLLPKVSIVGRPNVGKSALFNRLVGGNRAIVVDEPGVTRDRLYGRAFWGDREFMVIDTGGVLTGSKTQTDVMEQQLSVSTTIGMEGIPLASREAAVARMPSMIERQATVAVEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004436`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_004436`
位置	Chr01:136033260-136037757 (-)
描述	Similar to der: GTPase Der (Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004436` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程 GO:0005525 GTP binding 分子功能 GO:0043022 ribosome binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ana:alr0483 ava:Ava_2896 npu:Npun_R1702 tel:tlr0878 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.925

排名 1 · LXL04_004436 · OH-1004

线粒体0.075

排名 2 · LXL04_004436 · OH-1004

细胞核0.039

排名 3 · LXL04_004436 · OH-1004

细胞质0.024

排名 4 · LXL04_004436 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_004436 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01926.30MMR_HSR1152-300 aa

PF02421.25FeoB_N152-213 aa

PF01926.30MMR_HSR1363-484 aa

PF02421.25FeoB_N363-494 aa

PF14714.12KH_dom-like543-624 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004436	`PF01926.30`	MMR_HSR1	152	300	1.5e-53	180.4
LXL04_004436	`PF02421.25`	FeoB_N	152	213	1.4e-18	67.6
LXL04_004436	`PF01926.30`	MMR_HSR1	363	484	1.5e-53	180.4
LXL04_004436	`PF02421.25`	FeoB_N	363	494	1.4e-18	67.6
LXL04_004436	`PF14714.12`	KH_dom-like	543	624	3.7e-30	104.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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