LXL04_004380 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004380

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 133995237-133999431 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1554 bp · LXL04_004380|LXL04_004380|OH1004|cDNA

ATGCTTCCAGGAGTTAATGGTGTGATTGTCGGGTTTATTACAACCGTGATTTATGTGATTAAAGGGTCGGAAGCTGTCTCCAATGCGGGTTTACCTCCGAACTGGGGTTTAGCTACAGTAAACCGGTCTAGTTTTCCTAATGATTTCATTTTTGGTTCTGCATCTTCTTCTTTTCAGAACGAGGGTGGAGCAAATGAAGATGGTAGAGCTGCAAGTATATGGGATATTTTTACTCGAAGACATTCcgAGAAGATCGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1554 bp · LXL04_004380|LXL04_004380|OH1004|CDS

ATGCTTCCAGGAGTTAATGGTGTGATTGTCGGGTTTATTACAACCGTGATTTATGTGATTAAAGGGTCGGAAGCTGTCTCCAATGCGGGTTTACCTCCGAACTGGGGTTTAGCTACAGTAAACCGGTCTAGTTTTCCTAATGATTTCATTTTTGGTTCTGCATCTTCTTCTTTTCAGAACGAGGGTGGAGCAAATGAAGATGGTAGAGCTGCAAGTATATGGGATATTTTTACTCGAAGACATTCCGAGAAGATCGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

517 aa · LXL04_004380|LXL04_004380|OH1004|PROTEIN

MLPGVNGVIVGFITTVIYVIKGSEAVSNAGLPPNWGLATVNRSSFPNDFIFGSASSSFQNEGGANEDGRAASIWDIFTRRHSEKIADRSNGNMATDSYHRYKEDVKMVRQMGMDAYSFSISWSRVIPHGKISSGVNEHGIAYYNNLINELRSNDIEPFVTLFHFDLPQALEDEYGGFLSSRVVNDFRDFAELCFRRFGDRVKFWITMNEPWSYSVGGYEKGNFAPGRCSDAVGKCPTGDSGIEPYIVTHNMLLAHAAATK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004380`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004380

位置 Chr01:133995237-133999431 (+)

描述 Similar to BGLU24: Beta-glucosidase 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0320200`	β-葡萄糖苷酶24。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AVF0`	水解对硝基苯基β-D-葡萄糖苷、对硝基苯基β-D-半乳糖苷、对硝基苯基β-D-木糖苷、对硝基苯基β-D-岩藻糖苷、对硝基苯基β-L-阿拉伯糖苷、纤维二糖寡糖和层藻二糖。	暂无已核实直接文献
`Os04g0474800`	水解对硝基苯基β-D-葡萄糖苷、对硝基苯基β-D-半乳糖苷、对硝基苯基β-D-木糖苷、对硝基苯基β-D-岩藻糖苷、对硝基苯基β-L-阿拉伯糖苷、纤维二糖寡糖和层藻二糖。	暂无已核实直接文献
`Os04g0474900`	β-葡萄糖苷酶13。	暂无已核实直接文献
`Os04g0474500`	β-葡萄糖苷酶10。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004380 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0004338 glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity 分子功能

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

GO:0008422 beta-glucosidase activity 分子功能

GO:0033907 beta-D-fucosidase activity 分子功能

GO:0047701 beta-L-arabinosidase activity 分子功能

GO:0080083 beta-gentiobiose beta-glucosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os04g0474500

dosa:Os04g0474800

dosa:Os04g0474900

dosa:Os06g0320200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.286

排名 1 · LXL04_004380 · OH-1004

内质网0.137

排名 2 · LXL04_004380 · OH-1004

质体0.126

排名 3 · LXL04_004380 · OH-1004

细胞外0.087

排名 4 · LXL04_004380 · OH-1004

细胞膜0.085

排名 5 · LXL04_004380 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00232.25Glyco_hydro_143-513 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004380	`PF00232.25`	Glyco_hydro_1	43	513	1.1e-153	512.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5Z9Z0`	水稻	Beta-glucosidase 24	57.652%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8AVF0`	水稻	Beta-glucosidase 12	57.661%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XKV4`	水稻	Beta-glucosidase 12	57.661%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XKV2`	水稻	Beta-glucosidase 13	56.823%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7F9K4`	水稻	Beta-glucosidase 10	52.233%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情