LXL04_004234 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004234

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 130573173-130581903 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6345 bp · LXL04_004234|LXL04_004234|OH1004|cDNA

ATGGAAGGGGATGACAGGGATGTAATGTTGGCATGCATAATTTCAGGGACCCTTTTCTCTTTCTTGGGGTTGGCTTCTTTTGCGATACTCTGGGCTGTTAATTGGAGACCATGGCGGATATACAGTTGGATCTTTGCTAGAAAATGGCCAAGTTTCCTTCAAGGTCCTCAACTTGGAATATTATGCGGTTTTTTATCCCTCTGTGCATGGCTGGCTGTCATTTCTCCAATTGTAGTTCTTATCACATGGGGATGTTGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

6345 bp · LXL04_004234|LXL04_004234|OH1004|CDS

ATGGAAGGGGATGACAGGGATGTAATGTTGGCATGCATAATTTCAGGGACCCTTTTCTCTTTCTTGGGGTTGGCTTCTTTTGCGATACTCTGGGCTGTTAATTGGAGACCATGGCGGATATACAGTTGGATCTTTGCTAGAAAATGGCCAAGTTTCCTTCAAGGTCCTCAACTTGGAATATTATGCGGTTTTTTATCCCTCTGTGCATGGCTGGCTGTCATTTCTCCAATTGTAGTTCTTATCACATGGGGATGTTGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2114 aa · LXL04_004234|LXL04_004234|OH1004|PROTEIN

MEGDDRDVMLACIISGTLFSFLGLASFAILWAVNWRPWRIYSWIFARKWPSFLQGPQLGILCGFLSLCAWLAVISPIVVLITWGCWLILILGRDIIGLAVIMAGTALLLAFYSIMLWWRTQWQSSRAVAVLLLLAVALLCAYELCAVYVTAGSTAPQRYSPSGFFFGVSAIALAINMLFICRMVFNGNGLDVDEYVRSAYKFAYSDCIEVGPVACLPEPPDPNDLYPRQSRRVSHLSLLYLGSLLVLLVYSILYGLTAKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004234`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004234

位置 Chr01:130573173-130581903 (+)

描述 Similar to DEK1: Calpain-type cysteine protease DEK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55350`	参与表皮发育的必需蛋白酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0709400`	参与表皮发育的必需蛋白酶。	Initiation of shoot apical meristem in rice: characterization of four SHOOTLESS genes.1999 · DOI: 10.1242/dev.126.16.3629 The ADAXIALIZED LEAF1 gene functions in leaf and embryonic pattern formation in rice.2009 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2009.07.042

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004234 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0040014 regulation of multicellular organism growth 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0090392 sepal giant cell differentiation 生物过程

GO:0090628 plant epidermal cell fate specification 生物过程

GO:0097264 self proteolysis 生物过程

GO:2000011 regulation of adaxial/abaxial pattern formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55350

dosa:Os02g0709400

mmu:73647

osa:4330484

rno:116694

zma:542509

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.295

排名 1 · LXL04_004234 · OH-1004

内质网0.261

排名 2 · LXL04_004234 · OH-1004

细胞膜0.250

排名 3 · LXL04_004234 · OH-1004

细胞质0.169

排名 4 · LXL04_004234 · OH-1004

细胞核0.117

排名 5 · LXL04_004234 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00648.28Peptidase_C21660-1958 aa

PF01067.29Calpain_III1969-2104 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004234	`PF00648.28`	Peptidase_C2	1660	1958	8e-88	295.0
LXL04_004234	`PF01067.29`	Calpain_III	1969	2104	8.3e-17	62.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RVL2`	拟南芥	Calpain-type cysteine protease DEK1	78.535%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZFZ4`	水稻	Calpain-type cysteine protease ADL1	72.035%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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