LXL04_004145 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004145

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 126383371-126386817 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1429 bp · LXL04_004145|LXL04_004145|OH1004|cDNA

CTATTCCCCAATAATTCACAGGGATTACAGAATGCCTGATAACGATGTTGAGGGAATCGATTACATGGCAGATGAGGTGGACATTTTGGACTTTGTGATGGAAGATGATGAGGTCAATGGTGGTGGAGCTCAGTTTGCTGATGATTATGACATGGTGACAGATACATCTTCAGCTCAAGCAAGAAGAGGCAAAGACATTCAAGGCATTCCATGGGAAAGACTGAATATAACAAGAGAAAGTTACAGACAAACAAGGCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1398 bp · LXL04_004145|LXL04_004145|OH1004|CDS

ATGCCTGATAACGATGTTGAGGGAATCGATTACATGGCAGATGAGGTGGACATTTTGGACTTTGTGATGGAAGATGATGAGGTCAATGGTGGTGGAGCTCAGTTTGCTGATGATTATGACATGGTGACAGATACATCTTCAGCTCAAGCAAGAAGAGGCAAAGACATTCAAGGCATTCCATGGGAAAGACTGAATATAACAAGAGAAAGTTACAGACAAACAAGGCTGGAACAATACAGAAACTATGAAAACATTCCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

465 aa · LXL04_004145|LXL04_004145|OH1004|PROTEIN

MPDNDVEGIDYMADEVDILDFVMEDDEVNGGGAQFADDYDMVTDTSSAQARRGKDIQGIPWERLNITRESYRQTRLEQYRNYENIPLSGDAVDKKCKQKQKGGNYYEFFHNTRLVKPTILHFQLRNLVWATSKHDVYLMSNYSIMHWSSLSSNLTEILNFSGHVAPTEKHAGSLLEGFTQTQISTLSVKDDFLVAGGFQGELACKRLDKQGVSFCTRTTYDDNAITNAVEIYDSSSGGKHFMASNNDGGVREYDMDRFQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004145`
TK1151 ID	TkA01G197360
OH-1004 ID	LXL04_004145
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.978 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_004145`
位置	Chr01:126383371-126386817 (+)
描述	Similar to SPBC2A9.03: Uncharacterized WD repeat-containing protein C2A9.03 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004145` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0043531 ADP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ana:alr2800 spo:2540276 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.621

排名 1 · LXL04_004145 · OH-1004

细胞质0.492

排名 2 · LXL04_004145 · OH-1004

溶酶体／液泡0.045

排名 3 · LXL04_004145 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 4 · LXL04_004145 · OH-1004

线粒体0.034

排名 5 · LXL04_004145 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24814.2WD40_Prp19191-412 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz193-361 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd215-373 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st225-339 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd227-378 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5231-416 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3235-409 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st236-342 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004145	`PF24814.2`	WD40_Prp19	191	412	6.6e-17	62.2
LXL04_004145	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	193	361	3.4e-17	63.4
LXL04_004145	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	215	373	2.9e-13	50.5
LXL04_004145	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	225	339	1.4e-16	61.5
LXL04_004145	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	227	378	9.4e-07	29.0
LXL04_004145	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	231	416	1.6e-15	57.9
LXL04_004145	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	235	409	9.1e-21	74.8
LXL04_004145	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	236	342	3.6e-12	46.8
LXL04_004145	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	239	346	7.3e-15	55.8
LXL04_004145	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	270	381	3e-07	30.5
LXL04_004145	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	271	417	1.5e-16	61.3
LXL04_004145	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	273	416	1.4e-16	61.5
LXL04_004145	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	274	385	3.4e-17	63.4
LXL04_004145	`PF24796.2`	WDR55	274	392	1.2e-08	35.1
LXL04_004145	`PF24805.2`	EIF3I	279	371	1.6e-09	38.0
LXL04_004145	`PF00400.39`	WD40	299	337	5.3e-15	55.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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