LXL04_004128 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004128

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 126051476-126056591 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2117 bp · LXL04_004128|LXL04_004128|OH1004|cDNA

TTCATTAGGATTCAAGCAAATACCATTTACAAATTAACAAAACAACAATGGCGTCAGTTATTCCAAAAGTGAAACTAGGTTCGCAAGGTTTAGTTGTATCCGCCCAAGGACTGGGATGTATGGGTATGTCAGGGAACTACGGTCTCCCAAAACCAGAAGCCGATATGATCAAGCTCATTCATCACGCCATTGATGCTGGCGTCACCTTCCTTGACACTTCCGACTTTTATGGCCCTCACACCAACGAAATCCTCATTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2070 bp · LXL04_004128|LXL04_004128|OH1004|CDS

ATGGCGTCAGTTATTCCAAAAGTGAAACTAGGTTCGCAAGGTTTAGTTGTATCCGCCCAAGGACTGGGATGTATGGGTATGTCAGGGAACTACGGTCTCCCAAAACCAGAAGCCGATATGATCAAGCTCATTCATCACGCCATTGATGCTGGCGTCACCTTCCTTGACACTTCCGACTTTTATGGCCCTCACACCAACGAAATCCTCATTGGGAAGGCTTTAAAAGAAGGTGGACTGAGAGATAAAGTTCAAATTGCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

689 aa · LXL04_004128|LXL04_004128|OH1004|PROTEIN

MASVIPKVKLGSQGLVVSAQGLGCMGMSGNYGLPKPEADMIKLIHHAIDAGVTFLDTSDFYGPHTNEILIGKALKEGGLRDKVQIATKFGIQWIDGKPEVCGDPAYVRSACEASLKRLDVDYIDLYYIHRIDTRVPIEITMGELKKLVEEGKVKYVGLSEASASTIRRAHAVHPITAVQNEWSIWTRDLEDEIVPTCRELGIAIVPYSPIGRGFLAVGPKLIENMIEGDFRKMYPRFQNMDQNKTVFDRVNEMATRKGCT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004128`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004128

位置 Chr01:126051476-126056591 (-)

描述 Similar to Os04g0338000: Probable aldo-keto reductase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60690`	可能的醛酮还原酶3。	暂无已核实直接文献
`At1g60710`	可能的醛酮还原酶 4。	暂无已核实直接文献
`At1g60730`	可能的醛酮还原酶5。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0338000`	可能的醛酮还原酶2。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XRZ0`	可能的醛酮还原酶2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004128 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0008106 alcohol dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60690

dosa:Os04g0338000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.829

排名 1 · LXL04_004128 · OH-1004

细胞核0.224

排名 2 · LXL04_004128 · OH-1004

细胞膜0.072

排名 3 · LXL04_004128 · OH-1004

线粒体0.069

排名 4 · LXL04_004128 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_004128 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00248.28Aldo_ket_red21-308 aa

PF00248.28Aldo_ket_red369-655 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004128	`PF00248.28`	Aldo_ket_red	21	308	2.6e-146	486.9
LXL04_004128	`PF00248.28`	Aldo_ket_red	369	655	2.6e-146	486.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22707`	拟南芥	Probable aldo-keto reductase 3	71.386%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93ZN2`	拟南芥	Probable aldo-keto reductase 4	72.141%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ASZ9`	拟南芥	Probable aldo-keto reductase 5	70.175%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XT99`	水稻	Probable aldo-keto reductase 2	71.637%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2XRZ0`	水稻	Probable aldo-keto reductase 2	71.637%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情