LXL04_003902 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003902

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 113298254-113305171 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6903 bp · LXL04_003902|LXL04_003902|OH1004|cDNA

atgtcgaaatctgattcacacaacattgcgttcaatctcgcGAGTTCTATAGGATcaaacagcagagctccaacattgtttcctgaggagtacgacgcttgggtaatccacatggaagactacatcacagggattgaaaaggtcggaatggaagtttggaattccatcactgaaggaccatacaaacacaaaacctactgtccgaatggaatattcaccatgaaagagctgaaagatcttcaagatgaacatgaagatct...

CDS

下载 CDS FASTA

6903 bp · LXL04_003902|LXL04_003902|OH1004|CDS

ATGTCGAAATCTGATTCACACAACATTGCGTTCAATCTCGCGAGTTCTATAGGATCAAACAGCAGAGCTCCAACATTGTTTCCTGAGGAGTACGACGCTTGGGTAATCCACATGGAAGACTACATCACAGGGATTGAAAAGGTCGGAATGGAAGTTTGGAATTCCATCACTGAAGGACCATACAAACACAAAACCTACTGTCCGAATGGAATATTCACCATGAAAGAGCTGAAAGATCTTCAAGATGAACATGAAGATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2300 aa · LXL04_003902|LXL04_003902|OH1004|PROTEIN

MSKSDSHNIAFNLASSIGSNSRAPTLFPEEYDAWVIHMEDYITGIEKVGMEVWNSITEGPYKHKTYCPNGIFTMKELKDLQDEHEDLPSEVKERAEIDLRAKRELRFGLTPSSLRLIEPCKTAHQIWIKLKESYGSNELLDSIQSSLLAEYGAFKQASDESIDKTSERFHQLLSRMEKYDLARKEVEKKTTFLQSLRSEFFNIGQTIRGHEQFKNYKMPEVLGILKAHEAELIKATKTNITLALVSKSEKQKKKEKKVSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003902`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003902

位置 Chr01:113298254-113305171 (-)

描述 Similar to GIP: Copia protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003902 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.489

排名 1 · LXL04_003902 · OH-1004

细胞核0.469

排名 2 · LXL04_003902 · OH-1004

线粒体0.065

排名 3 · LXL04_003902 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 4 · LXL04_003902 · OH-1004

内质网0.034

排名 5 · LXL04_003902 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223.15Retrotran_gag_283-230 aa

PF22936.2Pol_BBD1097-1169 aa

PF13976.12gag_pre-integrs1204-1274 aa

PF00665.33rve1289-1389 aa

PF29688.1TnsB_C1354-1409 aa

PF25597.2SH3_retrovirus1463-1523 aa

PF07727.20RVT_21758-2000 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003902	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	83	230	2.2e-13	51.0
LXL04_003902	`PF22936.2`	Pol_BBD	1097	1169	2.3e-20	73.4
LXL04_003902	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	1204	1274	2.7e-14	53.4
LXL04_003902	`PF00665.33`	rve	1289	1389	2.4e-16	60.5
LXL04_003902	`PF29688.1`	TnsB_C	1354	1409	4.2e-08	33.8
LXL04_003902	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	1463	1523	2.1e-16	60.1
LXL04_003902	`PF07727.20`	RVT_2	1758	2000	2.7e-77	260.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	36.245%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	35.917%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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