LXL04_003711 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003711

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 96662018-96665750 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1305 bp · LXL04_003711|LXL04_003711|OH1004|cDNA

ATGGCGAATAAGTCTTTCAAGTACGTGATCGTCGGCGGGGGTGTCTCAGCTGGTTATGCTGCCAGGGAGTTTGCAAAGCAAGGAGTACAACCAGGCGAGCTAGCCATCATTTCAAAAGAGGGGGTTGCTCCATATGAACGTCCTGCACTAAGCAAGGCTTATTTGTTTCCAGAAGGAGCTGCCAGACTTCCAGGTTTTCATACATGTGTTGGAAGTGGAGGAGAGAGACTACTCCCAGAGTGGTACACAGAGAAAGGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · LXL04_003711|LXL04_003711|OH1004|CDS

ATGGCGAATAAGTCTTTCAAGTACGTGATCGTCGGCGGGGGTGTCTCAGCTGGTTATGCTGCCAGGGAGTTTGCAAAGCAAGGAGTACAACCAGGCGAGCTAGCCATCATTTCAAAAGAGGGGGTTGCTCCATATGAACGTCCTGCACTAAGCAAGGCTTATTTGTTTCCAGAAGGAGCTGCCAGACTTCCAGGTTTTCATACATGTGTTGGAAGTGGAGGAGAGAGACTACTCCCAGAGTGGTACACAGAGAAAGGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · LXL04_003711|LXL04_003711|OH1004|PROTEIN

MANKSFKYVIVGGGVSAGYAAREFAKQGVQPGELAIISKEGVAPYERPALSKAYLFPEGAARLPGFHTCVGSGGERLLPEWYTEKGINLILNTEIVKADLASKTLTSAAGETFTYKFLIIATGSTTLKLTDFGVEGASAKNILYLRDIDDADKLVEAIKAKKNGTAVVVGGGYIGLELSAVLKINNFDVKMVYPEPWCMPRLFTAGIAAFYEGYYEKKGVSIIKGTVASGFTSNDNGEVKEVKLKDGRVLEADIVVVGVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003711`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003711

位置 Chr01:96662018-96665750 (-)

描述 Similar to AFRR: Monodehydroascorbate reductase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52880`	催化单脱氢抗坏血酸转化为抗坏血酸，同时氧化 NADH。	Arabidopsis peroxisomes possess functionally redundant membrane and matrix isoforms of monodehydroascorbate reductase.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02503.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0557600`	催化单脱氢抗坏血酸转化为抗坏血酸，同时氧化 NADH。	暂无已核实直接文献
`Os09g0567300`	催化单脱氢抗坏血酸转化为抗坏血酸，同时氧化 NADH。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042744 hydrogen peroxide catabolic process 生物过程

GO:0098869 cellular oxidant detoxification 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005782 peroxisomal matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0016656 monodehydroascorbate reductase (NADH) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G52880

dosa:Os08g0557600

dosa:Os09g0567300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.723

排名 1 · LXL04_003711 · OH-1004

细胞核0.250

排名 2 · LXL04_003711 · OH-1004

线粒体0.139

排名 3 · LXL04_003711 · OH-1004

过氧化物酶体0.098

排名 4 · LXL04_003711 · OH-1004

质体0.066

排名 5 · LXL04_003711 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992.21Pyr_redox_26-320 aa

PF00070.34Pyr_redox166-247 aa

PF04820.21Trp_halogenase206-264 aa

PF21791.4MDHAR3-like_C344-431 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003711	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	6	320	7.2e-58	197.0
LXL04_003711	`PF00070.34`	Pyr_redox	166	247	9.7e-17	62.0
LXL04_003711	`PF04820.21`	Trp_halogenase	206	264	3e-06	27.1
LXL04_003711	`PF21791.4`	MDHAR3-like_C	344	431	2.8e-42	143.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFA3`	拟南芥	Monodehydroascorbate reductase 1, peroxisomal	78.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZJ08`	水稻	Monodehydroascorbate reductase 4, cytosolic	77.598%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q652L6`	水稻	Monodehydroascorbate reductase 3, cytosolic	77.367%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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