LXL04_003563 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003563

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 86075801-86076891 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

450 bp · LXL04_003563|LXL04_003563|OH1004|cDNA

ATGGCGGATCAGCTTACGGACGATCAGATCTCCGAATTCAAGGAAGCTTTCAGCTTATTCGATAAGGATGGAGATGGTTGTATTACTACTAAGGAGCTTGGAACAGTTATGAGATCACTAGGACAAAACCCTACTGAAGCTGAACTTCAGGACATGATCAATGAGGTGGATGCTGATGGGAATGGGACAATCGATTTCCCAGAGTTCTTGAATCTGATGGCCCGTAAGATGAAGGACACAGACTCTGAAGAAGAGCTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · LXL04_003563|LXL04_003563|OH1004|CDS

ATGGCGGATCAGCTTACGGACGATCAGATCTCCGAATTCAAGGAAGCTTTCAGCTTATTCGATAAGGATGGAGATGGTTGTATTACTACTAAGGAGCTTGGAACAGTTATGAGATCACTAGGACAAAACCCTACTGAAGCTGAACTTCAGGACATGATCAATGAGGTGGATGCTGATGGGAATGGGACAATCGATTTCCCAGAGTTCTTGAATCTGATGGCCCGTAAGATGAAGGACACAGACTCTGAAGAAGAGCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

149 aa · LXL04_003563|LXL04_003563|OH1004|PROTEIN

MADQLTDDQISEFKEAFSLFDKDGDGCITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLNLMARKMKDTDSEEELKEAFRVFDKDQNGFISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADVDGDGQINYEEFVKVMMAK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003563`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003563

位置 Chr01:86075801-86076891 (-)

描述 Similar to Calmodulin

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g43810`	钙调蛋白介导Ca²⁺对多种酶、离子通道及其他蛋白质的调控。	ABC transporter PEN3/PDR8/ABCG36 interacts with calmodulin that, like PEN3, is required for Arabidopsis nonhost resistance.2016 · DOI: 10.1111/nph.13582

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003563 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005513 detection of calcium ion 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016460 myosin II complex 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0030234 enzyme regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G43810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.624

排名 1 · LXL04_003563 · OH-1004

细胞核0.242

排名 2 · LXL04_003563 · OH-1004

细胞膜0.186

排名 3 · LXL04_003563 · OH-1004

高尔基体0.127

排名 4 · LXL04_003563 · OH-1004

溶酶体／液泡0.121

排名 5 · LXL04_003563 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21008.4AIF-17-76 aa

PF00036.39EF-hand_112-40 aa

PF13499.13EF-hand_712-73 aa

PF13405.13EF-hand_612-41 aa

PF13202.13EF-hand_514-37 aa

PF14658.13EF-hand_915-75 aa

PF13833.13EF-hand_825-75 aa

PF30551.1CFAP251_C25-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003563	`PF21008.4`	AIF-1	7	76	8.9e-17	62.4
LXL04_003563	`PF00036.39`	EF-hand_1	12	40	7.2e-42	138.6
LXL04_003563	`PF13499.13`	EF-hand_7	12	73	2.8e-41	140.4
LXL04_003563	`PF13405.13`	EF-hand_6	12	41	2.5e-32	108.1
LXL04_003563	`PF13202.13`	EF-hand_5	14	37	3.7e-27	93.2
LXL04_003563	`PF14658.13`	EF-hand_9	15	75	4.5e-20	72.6
LXL04_003563	`PF13833.13`	EF-hand_8	25	75	3.1e-28	98.0
LXL04_003563	`PF30551.1`	CFAP251_C	25	127	1.4e-13	51.6
LXL04_003563	`PF00036.39`	EF-hand_1	48	75	7.2e-42	138.6
LXL04_003563	`PF13202.13`	EF-hand_5	49	73	3.7e-27	93.2
LXL04_003563	`PF23564.2`	EF-hand_FSTL1	77	148	9.5e-12	46.1
LXL04_003563	`PF13499.13`	EF-hand_7	83	147	2.8e-41	140.4
LXL04_003563	`PF21008.4`	AIF-1	84	149	8.9e-17	62.4
LXL04_003563	`PF00036.39`	EF-hand_1	85	112	7.2e-42	138.6
LXL04_003563	`PF13405.13`	EF-hand_6	85	114	2.5e-32	108.1
LXL04_003563	`PF13202.13`	EF-hand_5	86	110	3.7e-27	93.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P59220`	拟南芥	Calmodulin-7	100.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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