LXL04_003475 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003475

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 80612110-80617041 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1401 bp · LXL04_003475|LXL04_003475|OH1004|cDNA

ATGGATCATGTGATTGGTGGAAAGTTTAAGCTTGGGAGGAAGATTGGCAGTGGATCTTTCGGCGAGCTCTATTTGGGAGTAAATGTACAAACTGGAGAAGAAGTTGCGGTCAAGCTGGAATCTACAAAGACTAAGCACCCTCAACTTCACTATGAGTCCAAATTGTACATGCTTCTTCAAGGAGGAACTGGCGTGCCCCACCTGAAATGGTTTGGTGTTGAAGGGGAGTACAATGCTATGGCTATAGACCTTCTTGGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · LXL04_003475|LXL04_003475|OH1004|CDS

ATGGATCATGTGATTGGTGGAAAGTTTAAGCTTGGGAGGAAGATTGGCAGTGGATCTTTCGGCGAGCTCTATTTGGGAGTAAATGTACAAACTGGAGAAGAAGTTGCGGTCAAGCTGGAATCTACAAAGACTAAGCACCCTCAACTTCACTATGAGTCCAAATTGTACATGCTTCTTCAAGGAGGAACTGGCGTGCCCCACCTGAAATGGTTTGGTGTTGAAGGGGAGTACAATGCTATGGCTATAGACCTTCTTGGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · LXL04_003475|LXL04_003475|OH1004|PROTEIN

MDHVIGGKFKLGRKIGSGSFGELYLGVNVQTGEEVAVKLESTKTKHPQLHYESKLYMLLQGGTGVPHLKWFGVEGEYNAMAIDLLGPSLEDLFNYCNRKLTLKSVLMLADQLINRVEYMHSRGFLHRDIKPDNFLMGLGRKANQVYIIDYGLAKKFRDLQTHRHIPYRENKNLTGTARYASANTHLGIEQSRRDDLESLGYVLMYFLRGSLPWQGLKAGTKKQKYDKISEKKMLTPIEVLCKSYPSEFTQYFHYCRSLRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003475`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003475

位置 Chr01:80612110-80617041 (-)

描述 Similar to CKL11: Casein kinase 1-like protein 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14340`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献
`At3g23340`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献
`At5g43320`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献
`At4g28540`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	Arabidopsis casein kinase 1-like 6 contains a microtubule-binding domain and affects the organization of cortical microtubules,2008 · DOI: 10.1104/pp.108.129346 Versatile casein kinase 1: multiple locations and functions.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.129346

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0622100`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白作为底物来定义。	Roles of OsCKI1, a rice casein kinase I, in root development and plant hormone sensitivity.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01866.x Rice LTG1 is involved in adaptive growth and fitness under low ambient temperature.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12487

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003475 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程

GO:0016310 phosphorylation 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0051510 regulation of unidimensional cell growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23340

ath:AT4G14340

ath:AT4G28540

ath:AT5G43320

dosa:Os02g0622100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.598

排名 1 · LXL04_003475 · OH-1004

细胞核0.440

排名 2 · LXL04_003475 · OH-1004

细胞膜0.075

排名 3 · LXL04_003475 · OH-1004

线粒体0.047

排名 4 · LXL04_003475 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_003475 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase10-228 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr10-270 aa

PF17667.8Pkinase_fungal118-206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003475	`PF00069.32`	Pkinase	10	228	4.3e-25	89.3
LXL04_003475	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	10	270	5.8e-14	52.7
LXL04_003475	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	118	206	2.2e-07	30.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39050`	拟南芥	Casein kinase 1-like protein 11	72.766%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LW62`	拟南芥	Casein kinase 1-like protein 10	73.191%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSX4`	拟南芥	Casein kinase 1-like protein 8	69.897%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LPJ1`	拟南芥	Casein kinase 1-like protein 6	68.973%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K9N1`	水稻	Casein kinase 1	70.402%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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