LXL04_003450 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003450

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 79539562-79543928 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1041 bp · LXL04_003450|LXL04_003450|OH1004|cDNA

ATGCCAAGAATGACGACGTCGAGCGCTTCTCAAGTTACAGATGAAGTTGTCCAAACAAGCGAAAAGGAGAGAGGTGTTACCTTACACTGCTCAATGCTCTCAAAAATGAACTACTCAGTATGGGCTATAAaaatgctggtgaatttacaAGAACAAGGAGTGTGGAACGCAGTTCAGAATTCAGAAGTAGACGAACGAAAGGATCGGATAGCTCTTGCAGCAATTTATCAAGCAATTCCAGAGGACGTGCTTTTAATGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1032 bp · LXL04_003450|LXL04_003450|OH1004|CDS

ATGCCAAGAATGACGACGTCGAGCGCTTCTCAAGTTACAGATGAAGTTGTCCAAACAAGCGAAAAGGAGAGAGGTGTTACCTTACACTGCTCAATGCTCTCAAAAATGAACTACTCAGTATGGGCTATAAAAATGCTGGTGAATTTACAAGAACAAGGAGTGTGGAACGCAGTTCAGAATTCAGAAGTAGACGAACGAAAGGATCGGATAGCTCTTGCAGCAATTTATCAAGCAATTCCAGAGGACGTGCTTTTAATGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

343 aa · LXL04_003450|LXL04_003450|OH1004|PROTEIN

MPRMTTSSASQVTDEVVQTSEKERGVTLHCSMLSKMNYSVWAIKMLVNLQEQGVWNAVQNSEVDERKDRIALAAIYQAIPEDVLLMLVEKDTAKEAWETLGLSMGWVWSVLGAEIAEIESRNRNSDAENSIKGAGYDIECSEFMKGLQCSCVYALVFNCGPLYVILGPFPRSRTRKSKTFRSQYIETKELKLSVNTWNLGGELPPDDLNIKDLLNTTTLIYILRKHIKNVHMSTVGVGAMGFIGNKGSISASMCIYETNY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003450`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003450

位置 Chr01:79539562-79543928 (-)

描述 Similar to IP5P3: Type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71710`	对 PtdIns(4,5)P2 和 PtdIns(3,4,5)P3 具有磷酸酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g34120`	对 Ins(1,4,5)P3 和 Ins(1,3,4,5)P4 具有磷酸酶活性，但对 Ins(1,4)P2、Ins(1)P 无活性。	暂无已核实直接文献
`At1g05470`	可能对 PtdIns(4,5)P₂ 和 PtdIns(3,4,5)P₃ 具有磷酸酶活性。	Genetic regulation of vascular tissue patterning in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.11.2123 Cotyledon vascular pattern2-mediated inositol (1,4,5) triphosphate signal transduction is essential for closed venation patterns of Arabidopsis foliar organs.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021030 CVP2- and CVL1-mediated phosphoinositide signaling as a regulator of the ARF GAP SFC/VAN3 in establishment of foliar vein patterns.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03920.x Primary root protophloem differentiation requires balanced phosphatidylinositol-4,5-biphosphate levels and systemically affects root branching.2015 · DOI: 10.1242/dev.118364
`At2g37440`	I型肌醇多磷酸 5-磷酸酶 8。	暂无已核实直接文献
`At5g65090`	可能参与根毛发育的调节。	Genetic interactions during root hair morphogenesis in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.10.1961 Analysis of the root-hair morphogenesis transcriptome reveals the molecular identity of six genes with roles in root-hair development in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02609.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003450 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0032957 inositol trisphosphate metabolic process 生物过程

GO:0043647 inositol phosphate metabolic process 生物过程

GO:0046856 phosphatidylinositol dephosphorylation 生物过程

GO:0090351 seedling development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0004439 phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity 分子功能

GO:0004445 inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity 分子功能

GO:0034485 phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity 分子功能

GO:0046030 inositol trisphosphate phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34120

ath:AT1G71710

ath:AT2G37440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.261

排名 1 · LXL04_003450 · OH-1004

质体0.225

排名 2 · LXL04_003450 · OH-1004

细胞核0.196

排名 3 · LXL04_003450 · OH-1004

内质网0.130

排名 4 · LXL04_003450 · OH-1004

细胞膜0.125

排名 5 · LXL04_003450 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22669.3Exo_endo_phos2209-343 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003450	`PF22669.3`	Exo_endo_phos2	209	343	6.1e-27	95.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0Z6`	拟南芥	Type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 3	70.248%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84MA2`	拟南芥	Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 1	60.976%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LR47`	拟南芥	Type IV inositol polyphosphate 5-phosphatase 6	50.806%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WT19`	拟南芥	Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 8	52.893%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q66GQ6`	拟南芥	Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 5	49.587%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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