LXL04_003390 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003390

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 77340285-77351111 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1902 bp · LXL04_003390|LXL04_003390|OH1004|cDNA

ATGTTTCTTGTTTCATCCTCTTCTCCACCATCCATGGCTACACCAGATTCATCCAGGAAATGCAAAGGCAGATCCGGAGACCATCAGTTGGACACTAAATTGACTCATTTATATGGACTCATTCACTATTCGCATCTCCATACGAAGTTATTGGTTCAATGCATCATCCTGCTTTTGCTTTTGAGTCACAGTTATTCAGACAATAAGCCTGACATCGAAGGAGAAGTTTTGATCGAGCTTCTAAAGGATCTAAATGACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1902 bp · LXL04_003390|LXL04_003390|OH1004|CDS

ATGTTTCTTGTTTCATCCTCTTCTCCACCATCCATGGCTACACCAGATTCATCCAGGAAATGCAAAGGCAGATCCGGAGACCATCAGTTGGACACTAAATTGACTCATTTATATGGACTCATTCACTATTCGCATCTCCATACGAAGTTATTGGTTCAATGCATCATCCTGCTTTTGCTTTTGAGTCACAGTTATTCAGACAATAAGCCTGACATCGAAGGAGAAGTTTTGATCGAGCTTCTAAAGGATCTAAATGACAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

633 aa · LXL04_003390|LXL04_003390|OH1004|PROTEIN

MFLVSSSSPPSMATPDSSRKCKGRSGDHQLDTKLTHLYGLIHYSHLHTKLLVQCIILLLLLSHSYSDNKPDIEGEVLIELLKDLNDTNGNIQDWNYFFVSPCYSWSHVICDHREGNVISLSLGSIGFSGTLSSSITKLKFLTKLDLHDNNLSGELPDLSSLVNLQILNLTQNKFSGSIPVSWGQLSNLKYLDLSSNNLSGKIPEKLFSTRVFNFTGTHLECGTSVPQPCISGSSVSGSTKNSKMKFVTFGVGCAALVFLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003390`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003390

位置 Chr01:77340285-77351111 (+)

描述 Similar to At5g63710: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g63710

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63710`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g63710。	暂无已核实直接文献
`At5g10290`	可能的 LRR 类似受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g10290。	暂无已核实直接文献
`At5g65240`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g65240。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0283800`	可能通过油菜素甾醇（BR）信号通路参与调控植物生长。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8BB68`	参与防御反应的 LRR 受体激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003390 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10290

ath:AT5G63710

ath:AT5G65240

dosa:Os02g0283800

osa:4329032

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.850

排名 1 · LXL04_003390 · OH-1004

内质网0.093

排名 2 · LXL04_003390 · OH-1004

细胞质0.078

排名 3 · LXL04_003390 · OH-1004

细胞核0.055

排名 4 · LXL04_003390 · OH-1004

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · LXL04_003390 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_273-111 aa

PF12799.14LRR_4141-175 aa

PF13855.13LRR_8141-198 aa

PF12799.14LRR_4163-203 aa

PF00069.32Pkinase311-580 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr314-583 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003390	`PF08263.18`	LRRNT_2	73	111	6.6e-06	27.0
LXL04_003390	`PF12799.14`	LRR_4	141	175	5e-08	33.6
LXL04_003390	`PF13855.13`	LRR_8	141	198	3.7e-07	30.5
LXL04_003390	`PF12799.14`	LRR_4	163	203	5e-08	33.6
LXL04_003390	`PF00069.32`	Pkinase	311	580	4.4e-41	141.7
LXL04_003390	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	314	583	3.5e-39	135.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4S5`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g63710	63.837%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGT1`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g10290	54.319%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGX1`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g65240	55.354%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K4T4`	水稻	LRR receptor kinase SERK2	56.860%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8BB68`	水稻	LRR receptor kinase BAK1	47.903%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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