LXL04_003298 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003298

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 74002583-74003662 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1080 bp · LXL04_003298|LXL04_003298|OH1004|cDNA

acgaaaaacaaacccaatCCCTCTCCAGCTCCCCAGAAGAAACAAGCATTAACCGCCTTCGCGGCCACAACACCAGCCGACACCACTCCCCAAAAGCCTTATAATGGGACGCTCCCGAAATGTAATCGGTGCAATTTCCATCATGTCGGAGCATGTAAGGAGATGTTCTGTACGAACTGCAAGAAGacgggccacacggcccgattttgtaaaagtcctgcttcAGGACCTGTACAGGGAAACACTGCTGGGGCCATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · LXL04_003298|LXL04_003298|OH1004|CDS

ATGTTCTGTACGAACTGCAAGAAGACGGGCCACACGGCCCGATTTTGTAAAAGTCCTGCTTCAGGACCTGTACAGGGAAACACTGCTGGGGCCATCAAGGCCTGCTACGGTTGTGGGGATGTGGGGCATTTTAAAAGAAACTGCCCGAAAGCAGCGGGAACGGCGAACGGACGTGTGTTCGCCATGGGAGCTAAAGAAGCGCAGGAAGACCCACGATGCGTGACGGGTACGTTTCTGATCAACAACCGTTATGCTACTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

306 aa · LXL04_003298|LXL04_003298|OH1004|PROTEIN

MFCTNCKKTGHTARFCKSPASGPVQGNTAGAIKACYGCGDVGHFKRNCPKAAGTANGRVFAMGAKEAQEDPRCVTGTFLINNRYATVLFDSGAERSFINRKFRKLLTHESQTLNDTYIVAMANGQIESTKELLKNCSLTLNDHTFHVNLMPMTIGSFDVIIGMDWLEPHHADVMCYEKAIRLNLPNGDAMIVYGDKSCDNLRIISCIKAQKYLHKKCYAFLAHIVDKSKEPKKIQDIPQVCDFPDVFLEDLPGLPPNRQV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003298`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003298

位置 Chr01:74002583-74003662 (-)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36020`	分子伴侣，能结合RNA、单链（ssDNA）和双链（dsDNA）DNA，并解旋核酸双链。	Cold shock domain proteins and glycine-rich RNA-binding proteins from Arabidopsis thaliana can promote the cold adaptation process in Escherichia coli.2007 · DOI: 10.1093/nar/gkl1076 Cold shock domain proteins affect seed germination and growth of Arabidopsis thaliana under abiotic stress conditions.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp037

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003298 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36020

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.724

排名 1 · LXL04_003298 · OH-1004

细胞核0.280

排名 2 · LXL04_003298 · OH-1004

线粒体0.076

排名 3 · LXL04_003298 · OH-1004

细胞膜0.054

排名 4 · LXL04_003298 · OH-1004

内质网0.054

排名 5 · LXL04_003298 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00098.29zf-CCHC34-50 aa

PF08284.17RVP_256-183 aa

PF13975.12gag-asp_proteas79-167 aa

PF13650.12Asp_protease_280-165 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL187-178 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003298	`PF00098.29`	zf-CCHC	34	50	6.1e-06	26.8
LXL04_003298	`PF08284.17`	RVP_2	56	183	7.9e-30	104.1
LXL04_003298	`PF13975.12`	gag-asp_proteas	79	167	3.5e-08	34.6
LXL04_003298	`PF13650.12`	Asp_protease_2	80	165	7.2e-06	27.3
LXL04_003298	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	87	178	6.9e-11	43.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65639`	拟南芥	Cold shock protein 1	42.424%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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