LXL04_003213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 71051075-71063452 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2832 bp · LXL04_003213|LXL04_003213|OH1004|cDNA

ATGGCTGGATATTTGGTTCCAGAAACCAgtcgatggtttgagaagaaaagaaggaagaagaagaaactcaTCCCAAGAGCTAGAAGAAgatatgcaaaagattggaatgtttggaactcccaaggAGAGAAGGGAGAAGATACGGTCATTGTAGAAGAGAATAAGGAAGAAAAGGAGACACCGATTACCTTCAAGAATTGCCATGCTAATATTGACATGCTATGGTGTTCGGTTGAGGAAGAAACACAGCGATATGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2832 bp · LXL04_003213|LXL04_003213|OH1004|CDS

ATGGCTGGATATTTGGTTCCAGAAACCAGTCGATGGTTTGAGAAGAAAAGAAGGAAGAAGAAGAAACTCATCCCAAGAGCTAGAAGAAGATATGCAAAAGATTGGAATGTTTGGAACTCCCAAGGAGAGAAGGGAGAAGATACGGTCATTGTAGAAGAGAATAAGGAAGAAAAGGAGACACCGATTACCTTCAAGAATTGCCATGCTAATATTGACATGCTATGGTGTTCGGTTGAGGAAGAAACACAGCGATATGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

943 aa · LXL04_003213|LXL04_003213|OH1004|PROTEIN

MAGYLVPETSRWFEKKRRKKKKLIPRARRRYAKDWNVWNSQGEKGEDTVIVEENKEEKETPITFKNCHANIDMLWCSVEEETQRYGGGGGLQPSLEKERGWRRNQMHNLSRFTNKKEKSKAKDNRGQSFPPKFRNPNLHSTTEGCEPLSHLTTPVTSIPITEVGMKNSEGPKTSKGEDGVDFISNMPDAILVLILSRLSSTEEQIRSSILSRRWRYLWTAVPTVDMQFLSGEESKQSKFKEFMYWVLASKTVNLDSFRLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003213`
TK1151 ID	TkA01G384750
OH-1004 ID	LXL04_003213
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.715 / OH-1004 25.769 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003213

位置 Chr01:71051075-71063452 (+)

描述 Similar to At1g16930: F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g16930

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16930`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g16930。	暂无已核实直接文献
`At4g00160`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At4g00160。	暂无已核实直接文献
`At3g26922`	F-box/LRR重复蛋白 At3g26922。	暂无已核实直接文献
`At2g04230`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At2g04230。	暂无已核实直接文献
`At5g56700`	推测的 FBD 相关 F-box 蛋白 At5g56700。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16930

ath:AT3G26922

ath:AT4G00160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.542

排名 1 · LXL04_003213 · OH-1004

细胞质0.482

排名 2 · LXL04_003213 · OH-1004

细胞膜0.079

排名 3 · LXL04_003213 · OH-1004

内质网0.063

排名 4 · LXL04_003213 · OH-1004

线粒体0.033

排名 5 · LXL04_003213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box183-220 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1253-465 aa

PF24758.2LRR_At5g56370272-390 aa

PF24758.2LRR_At5g56370692-805 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003213	`PF00646.39`	F-box	183	220	7.4e-11	42.2
LXL04_003213	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	253	465	2.2e-15	57.6
LXL04_003213	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	272	390	3.4e-25	89.7
LXL04_003213	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	692	805	3.4e-25	89.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ52`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g16930	31.140%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LF09`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At4g00160	30.165%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LJF8`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein At3g26922	31.276%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NKX3`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g04230	33.898%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJU2`	拟南芥	Putative FBD-associated F-box protein At5g56700	34.615%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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