RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_003199
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 70697785-70701166 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1167 bp · LXL04_003199|LXL04_003199|OH1004|cDNA

atgtgtgtgtgtgtgtgtgtctaCACAAGGCCAGACAAAATCCACGCAATCTCAATTTACGACAACAAGAAATTAGGGTTCATATCACATTTGAAAACAAGGTATAAGATGGCATTGGGAAAGAACTACAGCTTAGGGCTAGTAAAACGTACTAGTTCATTTGGTAGAAAGAGGATTCTGATCTTGAACGAAATGGATATCGATTCTATTAATGCCATTTCCCCCACGAAGAAACGATCAATGGGAAACAATTTCAGTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1167 bp · LXL04_003199|LXL04_003199|OH1004|CDS

ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTACACAAGGCCAGACAAAATCCACGCAATCTCAATTTACGACAACAAGAAATTAGGGTTCATATCACATTTGAAAACAAGGTATAAGATGGCATTGGGAAAGAACTACAGCTTAGGGCTAGTAAAACGTACTAGTTCATTTGGTAGAAAGAGGATTCTGATCTTGAACGAAATGGATATCGATTCTATTAATGCCATTTCCCCCACGAAGAAACGATCAATGGGAAACAATTTCAGTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

388 aa · LXL04_003199|LXL04_003199|OH1004|PROTEIN

MCVCVCVYTRPDKIHAISIYDNKKLGFISHLKTRYKMALGKNYSLGLVKRTSSFGRKRILILNEMDIDSINAISPTKKRSMGNNFSPRKSLLEALPQDILIRILCGVEHDDLKKLFHVSKPIREAEEDPGWYSRAANFISEPVVDVEMNHNVNMELPSKNEISLPETKTIPHENGNSVETHDKDVMVEGLSSVVVYDQWVDPPVSGQRPKPRYEHAAAVIDDKMYIFGGNHNGRYLNDLQVEVKPNSEAPVTVTPCAGHS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_003199
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_003199
位置Chr01:70697785-70701166 (-)
描述Similar to ACBP4: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g05420 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
ACBP4 and ACBP5, novel Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins with kelch motifs that bind oleoyl-CoA.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-0642-z
Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins ACBP4 and ACBP5 are subcellularly localized to the cytosol and ACBP4 depletion affects membrane lipid composition.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9392-7
At5g27630 以非常高的亲和力结合中链和长链酰基辅酶A酯。
ACBP4 and ACBP5, novel Arabidopsis acyl-CoA-binding proteins with kelch motifs that bind oleoyl-CoA.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-0642-z
At1g61340 F-box 蛋白 At1g61340。 暂无已核实直接文献
At4g05010 F-box 蛋白 At4g05010。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0835600 以高亲和力结合中链和长链酰基辅酶 A 酯。
The rice acyl-CoA-binding protein gene family: phylogeny, expression and functional analysis.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03546.x
Subcellular localization of rice acyl-CoA-binding proteins (ACBPs) indicates that OsACBP6::GFP is targeted to the peroxisomes.2014 · DOI: 10.1111/nph.12809
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003199 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0006869 lipid transport 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0009961 response to 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G61340
ath:AT3G05420
ath:AT4G05010
ath:AT5G27630
dosa:Os03g0835600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.499
排名 1 · LXL04_003199 · OH-1004
细胞质0.307
排名 2 · LXL04_003199 · OH-1004
细胞膜0.111
排名 3 · LXL04_003199 · OH-1004
内质网0.084
排名 4 · LXL04_003199 · OH-1004
线粒体0.081
排名 5 · LXL04_003199 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13415.13Beta-prop_FBX42192-239 aa
PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7197-285 aa
PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1197-240 aa
PF01344.32Kelch_1211-239 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_003199PF13415.13Beta-prop_FBX421922392.2e-0938.0
LXL04_003199PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC71972852.8e-1350.4
LXL04_003199PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR11972402.1e-0731.2
LXL04_003199PF01344.32Kelch_12112392.7e-0627.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MA55拟南芥Acyl-CoA-binding domain-containing protein 454.286%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8RWD9拟南芥Acyl-CoA-binding domain-containing protein 548.851%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8GX77拟南芥F-box protein At1g6134045.556%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9S9T6拟南芥F-box protein At4g0501041.584%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q75LJ4水稻Acyl-CoA-binding domain-containing protein 654.494%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看