LXL04_003117 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003117

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 68450362-68453315 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1557 bp · LXL04_003117|LXL04_003117|OH1004|cDNA

ATGGAGGAGGGAGTGCAAGGAGGAGACGATGAAATTCTGGGGTCAAGCTTGACCATGGAGAAAGTGGCTGCTGCTAAGCAATTCATAGAGAATCACTACAAAACTCAGATGAAGAACATTCAGGAACGCAAAGAAAGGCGATGGATCTTAGAGAGGAAGTTGGCTTCTTCAGATGTACCTAAAGAAGAACAGATTAATCTGATCAAGGATTTAGAGAGAAAGGAAACAGAGTTTATGCGACTTAAAAGGAACAAAATATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1557 bp · LXL04_003117|LXL04_003117|OH1004|CDS

ATGGAGGAGGGAGTGCAAGGAGGAGACGATGAAATTCTGGGGTCAAGCTTGACCATGGAGAAAGTGGCTGCTGCTAAGCAATTCATAGAGAATCACTACAAAACTCAGATGAAGAACATTCAGGAACGCAAAGAAAGGCGATGGATCTTAGAGAGGAAGTTGGCTTCTTCAGATGTACCTAAAGAAGAACAGATTAATCTGATCAAGGATTTAGAGAGAAAGGAAACAGAGTTTATGCGACTTAAAAGGAACAAAATATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

518 aa · LXL04_003117|LXL04_003117|OH1004|PROTEIN

MEEGVQGGDDEILGSSLTMEKVAAAKQFIENHYKTQMKNIQERKERRWILERKLASSDVPKEEQINLIKDLERKETEFMRLKRNKICVDDFELLTIIGRGAFGEVRLCREKKSGNIYAMKKLKKSEMLVRGQVEHVRAERNLLAEVASHCIVKLYYSFQDTEYLYLIMEYLPGGDMMTLLMREDTLKENVAKFYIAQSVMAIESIHKHNYIHRDIKPDNLLLDKNGHMKLSDFGLCKPLDCRTLSTLNENEAMSDENIRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003117`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_003117`
位置	Chr01:68450362-68453315 (-)
描述	Similar to CBK1: Serine/threonine-protein kinase CBK1 (Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_003117` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程 GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程 GO:0000920 septum digestion after cytokinesis 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0007118 budding cell apical bud growth 生物过程 GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程 GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程 GO:0030447 filamentous growth 生物过程 GO:0030866 cortical actin cytoskeleton organization 生物过程 GO:0030950 establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:533677 cal:CAALFM_C110380CA hsa:11329 pon:100173048 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.583

排名 1 · LXL04_003117 · OH-1004

细胞核0.514

排名 2 · LXL04_003117 · OH-1004

细胞膜0.109

排名 3 · LXL04_003117 · OH-1004

线粒体0.043

排名 4 · LXL04_003117 · OH-1004

内质网0.031

排名 5 · LXL04_003117 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase92-241 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr93-242 aa

PF03109.23ABC1162-244 aa

PF00069.32Pkinase289-398 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr302-361 aa

PF00433.30Pkinase_C417-462 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003117	`PF00069.32`	Pkinase	92	241	2.7e-66	224.4
LXL04_003117	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	93	242	2.8e-29	102.9
LXL04_003117	`PF03109.23`	ABC1	162	244	7.2e-08	32.6
LXL04_003117	`PF00069.32`	Pkinase	289	398	2.7e-66	224.4
LXL04_003117	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	302	361	2.8e-29	102.9
LXL04_003117	`PF00433.30`	Pkinase_C	417	462	7.8e-07	30.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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