LXL04_003100 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003100

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 67403785-67405876 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1824 bp · LXL04_003100|LXL04_003100|OH1004|cDNA

ATGAATTCCAAAAGAGGAGGAGGTCAGTCCAACAGAGGCGATGGCAACAAGGCTGCATCCAAGGGTAAAAACATAGCCGGTGGTTCTAGCTATGATGTTGATCAGTTGAATCAGGCAGTTCAAGATGTGAACCTGGATCCAAACCAGGATGGCAGTTGGGAAGTCATCTCCAAAAAGAACAAAAACAAACCTGGAAATGGTGCTCCATCTAAACAATGGGCTGCCCAGACTCCCAAACCCAGTGCATGGGGTCAACTCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · LXL04_003100|LXL04_003100|OH1004|CDS

ATGAATTCCAAAAGAGGAGGAGGTCAGTCCAACAGAGGCGATGGCAACAAGGCTGCATCCAAGGGTAAAAACATAGCCGGTGGTTCTAGCTATGATGTTGATCAGTTGAATCAGGCAGTTCAAGATGTGAACCTGGATCCAAACCAGGATGGCAGTTGGGAAGTCATCTCCAAAAAGAACAAAAACAAACCTGGAAATGGTGCTCCATCTAAACAATGGGCTGCCCAGACTCCCAAACCCAGTGCATGGGGTCAACTCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

607 aa · LXL04_003100|LXL04_003100|OH1004|PROTEIN

MNSKRGGGQSNRGDGNKAASKGKNIAGGSSYDVDQLNQAVQDVNLDPNQDGSWEVISKKNKNKPGNGAPSKQWAAQTPKPSAWGQLGGRGNGQVRAPNNTRAAQSGGRGNPGPINYNYNPQSNAIPPPLQTGWNWNARPANAWQLGNDSGRRENIPEVVQEQQPEDETADFNSDDDELLTDEYDSDESPKTHESRKTNRWYSEFFSTLDTLTVDQINEPTRQWHCPACQNGPGAIDWYRSLASLVTHAKTKGSKRVKIHR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003100`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003100

位置 Chr01:67403785-67405876 (+)

描述 Similar to SGS3: Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23570`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	Geminivirus VIGS of endogenous genes requires SGS2/SDE1 and SGS3 and defines a new branch in the genetic pathway for silencing in plants.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02103.x SGS3 and SGS2/SDE1/RDR6 are required for juvenile development and the production of trans-acting siRNAs in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1101/gad.1231804 An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0197500`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2ZIW7`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003100 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0035278 miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G23570

dosa:Os12g0197500

sly:100134882

zma:100037819

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.589

排名 1 · LXL04_003100 · OH-1004

细胞核0.381

排名 2 · LXL04_003100 · OH-1004

细胞膜0.123

排名 3 · LXL04_003100 · OH-1004

内质网0.074

排名 4 · LXL04_003100 · OH-1004

线粒体0.051

排名 5 · LXL04_003100 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03470.20zf-XS225-263 aa

PF03468.21XS295-409 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003100	`PF03470.20`	zf-XS	225	263	2.3e-08	34.9
LXL04_003100	`PF03468.21`	XS	295	409	1.4e-33	116.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDX1`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3	48.706%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QWE9`	水稻	Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog	47.595%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2ZIW7`	水稻	Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog	47.359%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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