LXL04_003098 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003098

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 67338230-67340852 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2352 bp · LXL04_003098|LXL04_003098|OH1004|cDNA

ATGGATGCAAATGGTAAAACCTCAAAAACAGGGGAGATCAGCATGACGGAGAACAAAAGCGATGAAGTGGTCCTAACAATCTCCGACgaagaaaaagttttgaaaaatgCTCCTCCTGGAACACCAAAAGATGCAAAACCAAGAGCTGTTAGTATCACAGAGTCGCCTCATAGAAAATCAGTCGACTCATACCCTGAAAATGCATATTTCATGCCAAGCCCTAACAGGCCTCCTAAAATCCCCAATCCCGAAACCCTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2352 bp · LXL04_003098|LXL04_003098|OH1004|CDS

ATGGATGCAAATGGTAAAACCTCAAAAACAGGGGAGATCAGCATGACGGAGAACAAAAGCGATGAAGTGGTCCTAACAATCTCCGACGAAGAAAAAGTTTTGAAAAATGCTCCTCCTGGAACACCAAAAGATGCAAAACCAAGAGCTGTTAGTATCACAGAGTCGCCTCATAGAAAATCAGTCGACTCATACCCTGAAAATGCATATTTCATGCCAAGCCCTAACAGGCCTCCTAAAATCCCCAATCCCGAAACCCTAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

783 aa · LXL04_003098|LXL04_003098|OH1004|PROTEIN

MDANGKTSKTGEISMTENKSDEVVLTISDEEKVLKNAPPGTPKDAKPRAVSITESPHRKSVDSYPENAYFMPSPNRPPKIPNPETLTRRKTLTRSIYSKPKSRFGEQQPIIDHNMFDDMPEPVNQTSNSPMRTSARASPRAPGNTTASPSGTPSKGTPRTLSINPKTPLMASPGGAGGDNDADDEEEEIYKKVNIRKQLKLKRVKMKVLFQWALLLLLVGCIAASLTIPKLKTFKIWSLELWKWFVLITVIICGLLVTNW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003098`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003098

位置 Chr01:67338230-67340852 (-)

描述 Similar to MSL10: Mechanosensitive ion channel protein 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g12080`	响应膜脂质双层中的拉伸力而打开的机械敏感通道。	Two MscS homologs provide mechanosensitive channel activities in the Arabidopsis root.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.04.039 AtMSL9 and AtMSL10: Sensors of plasma membrane tension in Arabidopsis roots.2008 · DOI: 10.4161/psb.3.9.6487
`At5g19520`	响应膜脂质双层中的拉伸力而打开的机械敏感通道。	Two MscS homologs provide mechanosensitive channel activities in the Arabidopsis root.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.04.039 AtMSL9 and AtMSL10: Sensors of plasma membrane tension in Arabidopsis roots.2008 · DOI: 10.4161/psb.3.9.6487
`At1g53470`	响应膜脂质双层中的拉伸力而打开的机械敏感通道。	暂无已核实直接文献
`At2g17010`	响应膜脂质双层中的拉伸力而打开的机械敏感通道。	暂无已核实直接文献
`At1g78610`	响应膜脂质双层中的拉伸力而打开的机械敏感通道。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003098 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006820 monoatomic anion transport 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009859 pollen hydration 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0050982 detection of mechanical stimulus 生物过程

GO:0097468 programmed cell death in response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53470

ath:AT1G78610

ath:AT2G17010

ath:AT5G12080

ath:AT5G19520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.873

排名 1 · LXL04_003098 · OH-1004

细胞质0.095

排名 2 · LXL04_003098 · OH-1004

内质网0.079

排名 3 · LXL04_003098 · OH-1004

细胞核0.029

排名 4 · LXL04_003098 · OH-1004

高尔基体0.029

排名 5 · LXL04_003098 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25886.1Msy1198-353 aa

PF00924.25MS_channel_2nd609-665 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003098	`PF25886.1`	Msy1	198	353	3.2e-13	50.6
LXL04_003098	`PF00924.25`	MS_channel_2nd	609	665	1.7e-10	41.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYG9`	拟南芥	Mechanosensitive ion channel protein 10	51.823%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84M97`	拟南芥	Mechanosensitive ion channel protein 9	49.409%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LPG3`	拟南芥	Mechanosensitive ion channel protein 4	40.309%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IME2`	拟南芥	Mechanosensitive ion channel protein 8	41.413%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SYM1`	拟南芥	Mechanosensitive ion channel protein 6	42.105%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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