LXL04_003071 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003071

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 66527339-66528697 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1359 bp · LXL04_003071|LXL04_003071|OH1004|cDNA

ATGAGAGTCACCATAGAATCTTCTTCCATGATTAAGCCGGCGGAACCAACATGGACCGGCAGGCTCCCACTATCCGAACTAGACCAGACCGGCATGAACACACATGTTCCAACCATCTACTTCTACACAAAACCCTCCGACGACTGGGACATTGTCTTACAATCCCTAAAAGCTTCCCTCACCACCACACTTGTTCATTTCTACCCTTTAGCCAGCCGGCTTTCTTCTATCACCGGCCGCCGCCTGGAACTTGACTGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1359 bp · LXL04_003071|LXL04_003071|OH1004|CDS

ATGAGAGTCACCATAGAATCTTCTTCCATGATTAAGCCGGCGGAACCAACATGGACCGGCAGGCTCCCACTATCCGAACTAGACCAGACCGGCATGAACACACATGTTCCAACCATCTACTTCTACACAAAACCCTCCGACGACTGGGACATTGTCTTACAATCCCTAAAAGCTTCCCTCACCACCACACTTGTTCATTTCTACCCTTTAGCCAGCCGGCTTTCTTCTATCACCGGCCGCCGCCTGGAACTTGACTGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

452 aa · LXL04_003071|LXL04_003071|OH1004|PROTEIN

MRVTIESSSMIKPAEPTWTGRLPLSELDQTGMNTHVPTIYFYTKPSDDWDIVLQSLKASLTTTLVHFYPLASRLSSITGRRLELDCNATGVQFIEAYADVKLADLDDFMQSPIFHHLIPSVDYRHTPLEEIPLLLLQATKFVCGGWSLGFYISHVVVDGQSALHFLSEWARVCRGEPLHSQPYLDRKCLHAGEPPTTTCTSIEHHVQFRPPPIILGQSSNVNERTMETTVAMLKLSETQVEKLRNKADNSRKKEMDRGFT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003071`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003071

位置 Chr01:66527339-66528697 (+)

描述 Similar to SHT: Spermidine hydroxycinnamoyl transferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19070`	羟基肉桂酰转移酶参与阿魏酰辅酶 A 与亚精胺的缀合。	A BAHD acyltransferase is expressed in the tapetum of Arabidopsis anthers and is involved in the synthesis of hydroxycinnamoyl spermidines.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03773.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003071 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0080088 spermidine hydroxycinnamate conjugate biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016410 N-acyltransferase activity 分子功能

GO:0016747 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:BAC78633

ath:AT2G19070

nta:107796658

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.655

排名 1 · LXL04_003071 · OH-1004

细胞核0.254

排名 2 · LXL04_003071 · OH-1004

内质网0.119

排名 3 · LXL04_003071 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 4 · LXL04_003071 · OH-1004

质体0.061

排名 5 · LXL04_003071 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02458.21Transferase1-447 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003071	`PF02458.21`	Transferase	1	447	2.5e-119	399.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64470`	拟南芥	Spermidine hydroxycinnamoyl transferase	56.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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