LXL04_003062 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003062

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 66114829-66120904 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3066 bp · LXL04_003062|LXL04_003062|OH1004|cDNA

ATGAAGACACCGGGAAACAGTTCTGGATCCACTTTAACAACGGTGAATCCCGGCGAAGGTGGAGAGAAGAACCGGATAATAAATCCGGAGCTATGGCAAGCCTGTGCCGGACCTCTGGTCAACTTACCGGCGGCTGGGACCCACGTCGTCTACTTCCCACAAGGCCACAGCGAGCAGGTTGCTGCGTCTATGAAGAAAGATGTGGATGCTCAAATTCCAAACTATCCCAATCTTCAGTCAAAATTGTTATGCATCCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3066 bp · LXL04_003062|LXL04_003062|OH1004|CDS

ATGAAGACACCGGGAAACAGTTCTGGATCCACTTTAACAACGGTGAATCCCGGCGAAGGTGGAGAGAAGAACCGGATAATAAATCCGGAGCTATGGCAAGCCTGTGCCGGACCTCTGGTCAACTTACCGGCGGCTGGGACCCACGTCGTCTACTTCCCACAAGGCCACAGCGAGCAGGTTGCTGCGTCTATGAAGAAAGATGTGGATGCTCAAATTCCAAACTATCCCAATCTTCAGTCAAAATTGTTATGCATCCTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1021 aa · LXL04_003062|LXL04_003062|OH1004|PROTEIN

MKTPGNSSGSTLTTVNPGEGGEKNRIINPELWQACAGPLVNLPAAGTHVVYFPQGHSEQVAASMKKDVDAQIPNYPNLQSKLLCILHNITLHADTETDEVYAQMTLQPVPSFDKEALLRSDLLMKAHKPQTEFFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEKIFPPLDFSMQPPAQELVARDLHDNVWTFRHIYRGQPKRHLLTTGWSLFVSGKRLFAGDSVLFIRDEKQQLLLGIRRANRQPANLSSSVLSSDSMHIGILAAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003062`
TK1151 ID	TkA01G398330
OH-1004 ID	LXL04_003062
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 53.726 / OH-1004 43.683 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003062

位置 Chr01:66114829-66120904 (-)

描述 Similar to ARF19: Auxin response factor 19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19220`	生长素反应因子是与生长素反应启动子元件中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	A role for auxin response factor 19 in auxin and ethylene signaling in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070987 ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761 Arabidopsis ATXR2 deposits H3K36me3 at the promoters of LBD genes to facilitate cellular dedifferentiation.2017 · DOI: 10.1126/scisignal.aan0316
`At5g20730`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	Overlapping and non-redundant functions of the Arabidopsis auxin response factors MONOPTEROS and NONPHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4.2004 · DOI: 10.1242/dev.00925 A gradient of auxin and auxin-dependent transcription precedes tropic growth responses.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0507127103 A role for auxin response factor 19 in auxin and ethylene signaling in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070987 ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761 Arabidopsis ATXR2 deposits H3K36me3 at the promoters of LBD genes to facilitate cellular dedifferentiation.2017 · DOI: 10.1126/scisignal.aan0316

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0702600`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os02g0141100`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os08g0520500`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003062 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os02g0141100

dosa:Os06g0702600

dosa:Os08g0520500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.952

排名 1 · LXL04_003062 · OH-1004

细胞质0.097

排名 2 · LXL04_003062 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 3 · LXL04_003062 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_003062 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_003062 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362.27B3134-236 aa

PF06507.20ARF_AD283-343 aa

PF02309.23AUX_IAA908-993 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003062	`PF02362.27`	B3	134	236	7.3e-22	77.9
LXL04_003062	`PF06507.20`	ARF_AD	283	343	8.9e-22	77.5
LXL04_003062	`PF02309.23`	AUX_IAA	908	993	2.1e-07	31.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RYC8`	拟南芥	Auxin response factor 19	63.924%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P93022`	拟南芥	Auxin response factor 7	59.546%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0D9R7`	水稻	Auxin response factor 19	68.619%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z2W3`	水稻	Auxin response factor 5	58.974%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YZW0`	水稻	Auxin response factor 21	61.394%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情