LXL04_003058 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003058

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 66014925-66026241 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2034 bp · LXL04_003058|LXL04_003058|OH1004|cDNA

ATGTATTCCGGTAATATGGGCATGGATAGCCACGACATGATGGACATCGACAATTGGAGACCTCGGATAGCTCTTTCCATGTCCTACAATAGCGGTAGTCAACCACCGTCTATTGGAGATGTGAGGCAATTCGACGTTTCTGAACATTCCTACGGTATTCCGATGGATAGTGATGGACAGCCACCGTCGGTTACCGACGTCGGTAGAAGAGAAGCATCTCAAAGTGAGGCATCGTTCACCCGGTATGAGGGTCCTGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2034 bp · LXL04_003058|LXL04_003058|OH1004|CDS

ATGTATTCCGGTAATATGGGCATGGATAGCCACGACATGATGGACATCGACAATTGGAGACCTCGGATAGCTCTTTCCATGTCCTACAATAGCGGTAGTCAACCACCGTCTATTGGAGATGTGAGGCAATTCGACGTTTCTGAACATTCCTACGGTATTCCGATGGATAGTGATGGACAGCCACCGTCGGTTACCGACGTCGGTAGAAGAGAAGCATCTCAAAGTGAGGCATCGTTCACCCGGTATGAGGGTCCTGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

677 aa · LXL04_003058|LXL04_003058|OH1004|PROTEIN

MYSGNMGMDSHDMMDIDNWRPRIALSMSYNSGSQPPSIGDVRQFDVSEHSYGIPMDSDGQPPSVTDVGRREASQSEASFTRYEGPDALEVQQHNLELQLACDGYLFNSSAIQIDFNDIPEDPCEQVSFFTLLILCYFNSRTNADNHENPYSHTRNPANDSTTILVPKRRLKLQIRTKISLPVYTGRPISGENNSAVEIALVDAITEQIINTGIESTARLQLVGFRVGTDDSWTFESFLEKVNSEKKGKRILQGNTFLQLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003058`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003058

位置 Chr01:66014925-66026241 (-)

描述 Similar to CBP60A: Calmodulin-binding protein 60 A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62570`	以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。	暂无已核实直接文献
`At4g25800`	以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。	暂无已核实直接文献
`At5g57580`	以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。	暂无已核实直接文献
`At2g18750`	以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。	暂无已核实直接文献
`At2g24300`	以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003058 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0080142 regulation of salicylic acid biosynthetic process 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18750

ath:AT2G24300

ath:AT4G25800

ath:AT5G57580

ath:AT5G62570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925

排名 1 · LXL04_003058 · OH-1004

细胞质0.163

排名 2 · LXL04_003058 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 3 · LXL04_003058 · OH-1004

内质网0.017

排名 4 · LXL04_003058 · OH-1004

线粒体0.015

排名 5 · LXL04_003058 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07887.17Calmodulin_bind170-310 aa

PF20451.4Calmod_bind_M324-387 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding554-594 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_6557-610 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding638-668 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003058	`PF07887.17`	Calmodulin_bind	170	310	1.2e-27	97.5
LXL04_003058	`PF20451.4`	Calmod_bind_M	324	387	5.7e-11	43.5
LXL04_003058	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	554	594	1.9e-21	76.6
LXL04_003058	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	557	610	2e-11	44.6
LXL04_003058	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	638	668	1.9e-21	76.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0SVV6`	拟南芥	Calmodulin-binding protein 60 A	34.106%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WVV6`	拟南芥	Calmodulin-binding protein 60 D	32.571%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKL6`	拟南芥	Calmodulin-binding protein 60 B	33.224%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0SV51`	拟南芥	Calmodulin-binding protein 60 C	32.119%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4IPM3`	拟南芥	Calmodulin-binding protein 60 E	34.708%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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