LXL04_002917 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002917

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 61256237-61260119 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1107 bp · LXL04_002917|LXL04_002917|OH1004|cDNA

ATGGACACATTCTCTACCGTCGTGTTTCTAGTGCTGGTGGCAGTATCGGTCGTTTCCAGCTCTGCTGATGCTGTTTATGGAGATGGTCGGCCGGCAACTTTATCCGAGATCCCTTATAAGATGAAAGAGAAGAAAATTTCTAAACCCATTGCGGTTCAAGGCCTTATATATTGTAAATCCGGCGCTAAATTTATCCCACTTAAAGGAGCCACGGCAAGAATAACTTGTTTAGCAAGAAACCAAAAGGGACTCGAATTAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1107 bp · LXL04_002917|LXL04_002917|OH1004|CDS

ATGGACACATTCTCTACCGTCGTGTTTCTAGTGCTGGTGGCAGTATCGGTCGTTTCCAGCTCTGCTGATGCTGTTTATGGAGATGGTCGGCCGGCAACTTTATCCGAGATCCCTTATAAGATGAAAGAGAAGAAAATTTCTAAACCCATTGCGGTTCAAGGCCTTATATATTGTAAATCCGGCGCTAAATTTATCCCACTTAAAGGAGCCACGGCAAGAATAACTTGTTTAGCAAGAAACCAAAAGGGACTCGAATTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

368 aa · LXL04_002917|LXL04_002917|OH1004|PROTEIN

MDTFSTVVFLVLVAVSVVSSSADAVYGDGRPATLSEIPYKMKEKKISKPIAVQGLIYCKSGAKFIPLKGATARITCLARNQKGLELAPFSVSSCPADDKGYFLAKLSPPSTKYLKNAQWELKECKAFLETSPLKDCKVPLDINGGVKGAHIISASYHRLLKNANLYSLDPFFYTSGKPEVTMDTFSTVVFLVLVAASVVSSSAEAVYGDGRPAPLSEIPYKMKEKKISKPIAVQGLIYCKSGAKFIPLKGATARITCLAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002917`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002917

位置 Chr01:61256237-61260119 (-)

描述 Similar to SRPP: Protein SEED AND ROOT HAIR PROTECTIVE PROTEIN

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02270`	参与根毛和种子细胞壁结构的形成，特别是在磷（Pi）缺乏条件或乙烯存在时。	SRPP, a Cell Wall Protein is Involved in Development and Protection of Seeds and Root Hairs in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1093/pcp/pcx008 Enhancement of cell wall protein SRPP expression during emergent root hair development in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1080/15592324.2017.1368940 A cell-wall protein SRPP provides physiological integrity to the Arabidopsis seed.2019 · DOI: 10.1007/s10265-018-01083-6
`At1g54970`	可能有助于根毛的细胞壁结构。	暂无已核实直接文献
`At3g62680`	可能有助于根毛的细胞壁结构。	Expression of AtPRP3, a proline-rich structural cell wall protein from Arabidopsis, is regulated by cell-type-specific developmental pathways involved in root hair formation.2000 · DOI: 10.1104/pp.122.3.705

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002917 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010054 trichoblast differentiation 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0071369 cellular response to ethylene stimulus 生物过程

GO:0072732 cellular response to calcium ion starvation 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54970

ath:AT3G62680

ath:AT4G02270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.783

排名 1 · LXL04_002917 · OH-1004

溶酶体／液泡0.095

排名 2 · LXL04_002917 · OH-1004

细胞质0.075

排名 3 · LXL04_002917 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 4 · LXL04_002917 · OH-1004

内质网0.053

排名 5 · LXL04_002917 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81417`	拟南芥	Protein SEED AND ROOT HAIR PROTECTIVE PROTEIN	44.961%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FZ35`	拟南芥	Proline-rich protein 1	34.921%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LZJ7`	拟南芥	Proline-rich protein 3	32.812%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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