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基因概览

LXL04_002781

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 58213306-58213923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

618 bp · LXL04_002781|LXL04_002781|OH1004|cDNA

ATGGTCATCCATGGATACCCAGATTTGTTATTCAATCAAAAATCATGGATCGCTCTCAACACCGGTAGCTTTTTGTTTAGAAATTGTCAATGGTCTTTGGATTTACTCGATGAATGGGCACCAATGGGGCCAAAAGGGCCTGTTCGTGAAGAAGCTGGCAAGATTTTAACAACCAATTTGAAAGGTCGGCCTGCTTTTGAAGCTGGCGATCAATCTGTCCTAATTTACTTATTGATTACAAAAACCGAATGGATGAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · LXL04_002781|LXL04_002781|OH1004|CDS

ATGGTCATCCATGGATACCCAGATTTGTTATTCAATCAAAAATCATGGATCGCTCTCAACACCGGTAGCTTTTTGTTTAGAAATTGTCAATGGTCTTTGGATTTACTCGATGAATGGGCACCAATGGGGCCAAAAGGGCCTGTTCGTGAAGAAGCTGGCAAGATTTTAACAACCAATTTGAAAGGTCGGCCTGCTTTTGAAGCTGGCGATCAATCTGTCCTAATTTACTTATTGATTACAAAAACCGAATGGATGAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

205 aa · LXL04_002781|LXL04_002781|OH1004|PROTEIN

MVIHGYPDLLFNQKSWIALNTGSFLFRNCQWSLDLLDEWAPMGPKGPVREEAGKILTTNLKGRPAFEAGDQSVLIYLLITKTEWMKKVFVENSYFLHGYGAGLVDRYEEMMEKYHHGLGDERWPFVTHFVGCKPCGSYGDYPVQRCLSSMERAFNFADNQMLKLYGFRHKELLSPTIKRIRNETVTPLENVDQFDIRHLAQGTSN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002781`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002781

位置 Chr01:58213306-58213923 (+)

描述 Similar to XXT3: Probable xyloglucan 6-xylosyltransferase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07720`	可能的木葡聚糖木糖基转移酶，参与木葡聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At1g74380`	可能的木葡聚糖木糖基转移酶参与根中木葡聚糖的生物合成。	Arabidopsis XXT5 gene encodes a putative alpha-1,6-xylosyltransferase that is involved in xyloglucan biosynthesis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03580.x Protein-protein interactions among xyloglucan-synthesizing enzymes and formation of Golgi-localized multiprotein complexes.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcu161
`At1g18690`	UDP-D-木糖特异性木糖基转移酶，接受纤维六糖作为底物以产生木葡聚糖。	Arabidopsis GT34 family contains five xyloglucan α-1,6-xylosyltransferases.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2012.04196.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0529600`	可能的糖基转移酶，可能参与木葡聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AIZ4`	可能的糖基转移酶，可能参与木葡聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009969 xyloglucan biosynthetic process 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0016758 hexosyltransferase activity 分子功能

GO:0033843 xyloglucan 6-xylosyltransferase activity 分子功能

GO:0035252 UDP-xylosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18690

ath:AT1G74380

ath:AT5G07720

dosa:Os02g0529600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.780

排名 1 · LXL04_002781 · OH-1004

内质网0.119

排名 2 · LXL04_002781 · OH-1004

细胞质0.083

排名 3 · LXL04_002781 · OH-1004

细胞外0.067

排名 4 · LXL04_002781 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 5 · LXL04_002781 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05637.19Glyco_transf_342-137 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002781	`PF05637.19`	Glyco_transf_34	2	137	1.7e-23	84.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF80`	拟南芥	Probable xyloglucan 6-xylosyltransferase 3	81.910%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CA75`	拟南芥	Probable xyloglucan 6-xylosyltransferase 5	81.818%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M9U0`	拟南芥	Xyloglucan 6-xylosyltransferase 4	77.451%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H765`	水稻	Probable glycosyltransferase 2	74.146%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8AIZ4`	水稻	Probable glycosyltransferase 2	74.146%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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