LXL04_002726 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002726

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 56332534-56338386 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2766 bp · LXL04_002726|LXL04_002726|OH1004|cDNA

ATGAGAAGAGGTGGGGAGGTGATATATTCAAGTAAATTTACTATCCATCTTTACAAAGAGTGTTCGGTGCGGGACAGACTATCCGTTGAAGTTGAGTCATGGCAGAGAAGAAGACAGATTAGAGATGGTAGAGAGAGAACCGAAGAAATAGACATGAAGAACTTCATTCAAACGCGACAGCTCGAAGACGGTAGTAGGGATCGGTGGATTTTTAAAGGAGCCTCGAAAGGAATTCTATCCTCGGCGTGGATTAGAGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2766 bp · LXL04_002726|LXL04_002726|OH1004|CDS

ATGAGAAGAGGTGGGGAGGTGATATATTCAAGTAAATTTACTATCCATCTTTACAAAGAGTGTTCGGTGCGGGACAGACTATCCGTTGAAGTTGAGTCATGGCAGAGAAGAAGACAGATTAGAGATGGTAGAGAGAGAACCGAAGAAATAGACATGAAGAACTTCATTCAAACGCGACAGCTCGAAGACGGTAGTAGGGATCGGTGGATTTTTAAAGGAGCCTCGAAAGGAATTCTATCCTCGGCGTGGATTAGAGGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

921 aa · LXL04_002726|LXL04_002726|OH1004|PROTEIN

MRRGGEVIYSSKFTIHLYKECSVRDRLSVEVESWQRRRQIRDGRERTEEIDMKNFIQTRQLEDGSRDRWIFKGASKGILSSAWIRGRMDLCKSVGKIFKNEWINWIPIKENIFVWKILKGRMAVRKTLAEMDIDILSTKCEVCNDFVEDIDHLFFKCDLASWLWSRLGLWINSSIPSFESLHDCFAWVDRVYKPSVSNKIVKILVVVLLKSIWIHRNDIMFNDKRVEKEYAATWILSVFHRTQCSTITVVMETVPMESNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002726`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002726

位置 Chr01:56332534-56338386 (+)

描述 Similar to HAT: Zinc finger BED domain-containing protein DAYSLEEPER

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g42170`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0733400`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os05g0239150`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os05g0583200`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os01g0518400`	类转座酶蛋白，对植物生长发育至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002726 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G42170

dosa:Os01g0518400

dosa:Os03g0733400

dosa:Os05g0239150

dosa:Os05g0583200

osa:4339741

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.944

排名 1 · LXL04_002726 · OH-1004

细胞质0.089

排名 2 · LXL04_002726 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 3 · LXL04_002726 · OH-1004

质体0.014

排名 4 · LXL04_002726 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_002726 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13966.12zf-RVT96-164 aa

PF27041.1ZBED1_RNase-like456-551 aa

PF27039.1ZBED1_RNase-like_helical555-664 aa

PF14372.13hAT-like_RNase-H684-775 aa

PF05699.20Dimer_Tnp_hAT826-903 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002726	`PF13966.12`	zf-RVT	96	164	5.9e-13	50.0
LXL04_002726	`PF27041.1`	ZBED1_RNase-like	456	551	4.6e-25	88.3
LXL04_002726	`PF27039.1`	ZBED1_RNase-like_helical	555	664	6.1e-35	120.3
LXL04_002726	`PF14372.13`	hAT-like_RNase-H	684	775	1.3e-31	109.4
LXL04_002726	`PF05699.20`	Dimer_Tnp_hAT	826	903	6.7e-22	77.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2N5`	拟南芥	Zinc finger BED domain-containing protein DAYSLEEPER	52.345%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6AVI0`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2	46.256%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B9FJG3`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 1	47.344%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q75HY5`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3	44.737%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JMB2`	水稻	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4	40.832%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情