LXL04_002605 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002605

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 52805824-52809989 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1785 bp · LXL04_002605|LXL04_002605|OH1004|cDNA

ATGGCGCAATCTCAACAACAACCGCCGACCATGGATGCTGATACGATGCTGGATGTTTATATTCTTGATTATCTCATGAAGAAAAACTATGGTAATTCCACAAAGGCATTTGAAGGTGAAGCAAAAGTACCTGCCAATGTTCGTGCCATTGATGCACCTCGTGGTTTCCTCTTCGAATGGTGGACGGTTTTTTGGGATACTTTTATTTCTAGGTACAAGCGACATCAAGGCTCCATGGAACCTTCCAATGAGGTTGTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · LXL04_002605|LXL04_002605|OH1004|CDS

ATGGCGCAATCTCAACAACAACCGCCGACCATGGATGCTGATACGATGCTGGATGTTTATATTCTTGATTATCTCATGAAGAAAAACTATGGTAATTCCACAAAGGCATTTGAAGGTGAAGCAAAAGTACCTGCCAATGTTCGTGCCATTGATGCACCTCGTGGTTTCCTCTTCGAATGGTGGACGGTTTTTTGGGATACTTTTATTTCTAGGTACAAGCGACATCAAGGCTCCATGGAACCTTCCAATGAGGTTGTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

594 aa · LXL04_002605|LXL04_002605|OH1004|PROTEIN

MAQSQQQPPTMDADTMLDVYILDYLMKKNYGNSTKAFEGEAKVPANVRAIDAPRGFLFEWWTVFWDTFISRYKRHQGSMEPSNEVVRVPHQQQGGQHQSQSFNPNNVNLGKNPWIAEASTLMKQPVPPKQWFGDNTAFIMSHMNSIHQQPIEHQKQAMVPRHDINSLTNPMINPSAQLPEGIPTGPHGGINTMPLRGWPLTQHGLEQIQTRIHRQNEGQINPSNSMDRKRKQPMIPIGVPNTSLPPNAVGMFSNNSREVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002605`
TK1151 ID	TkA01G436440
OH-1004 ID	LXL04_002605
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002605

位置 Chr01:52805824-52809989 (-)

描述 Similar to LUG: Transcriptional corepressor LEUNIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32551`	花分生组织发育早期阶段 C 类花同源异型基因 AGAMOUS 的 SEU-LUG 转录辅阻遏物的转录阻遏子亚基。	The rotunda2 mutants identify a role for the LEUNIG gene in vegetative leaf morphogenesis.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh165
`At2g32700`	可能作为转录共抑制复合体的亚基，抑制非生物胁迫相关基因的表达。	The Arabidopsis transcription factor LUH/MUM1 is required for extrusion of seed coat mucilage.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.172023
`At5g08390`	可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002605 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3466

ath:AT2G32700

ath:AT4G32551

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925

排名 1 · LXL04_002605 · OH-1004

细胞质0.159

排名 2 · LXL04_002605 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_002605 · OH-1004

线粒体0.012

排名 4 · LXL04_002605 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_002605 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08513.18LisH16-41 aa

PF30097.1LisH_SSDP17-71 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st280-371 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz287-440 aa

PF25391.2WD40_Gbeta288-437 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st293-387 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st304-438 aa

PF23098.2Beta-prop_NOL10_N306-433 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002605	`PF08513.18`	LisH	16	41	5.2e-06	26.9
LXL04_002605	`PF30097.1`	LisH_SSDP	17	71	5.5e-21	75.4
LXL04_002605	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	280	371	8.1e-44	150.7
LXL04_002605	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	287	440	1.5e-23	84.2
LXL04_002605	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	288	437	5.6e-10	39.5
LXL04_002605	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	293	387	2.2e-28	100.0
LXL04_002605	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	304	438	1.5e-13	51.6
LXL04_002605	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	306	433	2.5e-09	37.5
LXL04_002605	`PF24814.2`	WD40_Prp19	309	389	3.4e-35	122.2
LXL04_002605	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	313	441	1.3e-32	113.7
LXL04_002605	`PF24796.2`	WDR55	313	388	4.6e-14	52.9
LXL04_002605	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	313	412	3.9e-12	46.5
LXL04_002605	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	314	440	1.1e-43	150.3
LXL04_002605	`PF00400.39`	WD40	315	341	2e-35	120.4
LXL04_002605	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	315	432	2.2e-22	80.4
LXL04_002605	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	315	438	9.7e-08	32.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FUY2`	拟南芥	Transcriptional corepressor LEUNIG	44.712%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O48847`	拟南芥	Transcriptional corepressor LEUNIG_HOMOLOG	45.058%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KB17`	拟南芥	Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.3	25.902%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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