LXL04_002502 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002502

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 50195334-50201095 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2430 bp · LXL04_002502|LXL04_002502|OH1004|cDNA

TGTAAGCTTGATTGACTCGTAATTTCTCACACCCTCACAACACAACAGACACCAGGCTTTCGACGGCCGTCAATGGCGGTCCCCGTAGATGCCATTATTAAGCAATCGCCGCCGTCTTCGAGTCTGCGTTTCGCCTTCGGAAATGTCCTCGCCTTCTTCATTCTCCTGTTAATCGGAGTACTCGCATTCTCGATCCGTCTTTTCTCGGTTATTAAGTATGAAAGTGTTATTCATGAATTCGATCCTTATTTCAATTACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2358 bp · LXL04_002502|LXL04_002502|OH1004|CDS

ATGGCGGTCCCCGTAGATGCCATTATTAAGCAATCGCCGCCGTCTTCGAGTCTGCGTTTCGCCTTCGGAAATGTCCTCGCCTTCTTCATTCTCCTGTTAATCGGAGTACTCGCATTCTCGATCCGTCTTTTCTCGGTTATTAAGTATGAAAGTGTTATTCATGAATTCGATCCTTATTTCAATTACAGAGTCACTCAGTTCCTCACAAAGAACGGGATATATGACTTCTGGAATTGGTTTGACGATCGCACCTGGTACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

785 aa · LXL04_002502|LXL04_002502|OH1004|PROTEIN

MAVPVDAIIKQSPPSSSLRFAFGNVLAFFILLLIGVLAFSIRLFSVIKYESVIHEFDPYFNYRVTQFLTKNGIYDFWNWFDDRTWYPLGRVIGGTVYPGLTLTAGTIWKVLQSLNIPLSVETVCVFTAPVFSAFAAWATYLLTKEVKGTGAGLTAAVLLAMVPSYISRSVAGSYDNEAVAIFALIFTFYLYIKTLNTGSLFYATLNSISYFYMVCSWGGYTFIINLIPMHALLCIVTGRYSSRLYIAYAPLVVLGTLLAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002502`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002502

位置 Chr01:50195334-50201095 (+)

描述 Similar to STT3A: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19690`	寡糖转移酶（OST）复合物的催化亚基，该复合物催化将特定糖链（在真核生物中为Glc(3)Man(9)GlcNAc(2)）从脂质载体多烯二磷酸转移到新生多肽链中Asn-X-Ser/Thr共识序列的天冬酰胺残基上，这是蛋白质N-糖基化的第一步。	The STT3a subunit isoform of the Arabidopsis oligosaccharyltransferase controls adaptive responses to salt/osmotic stress.2003 · DOI: 10.1105/tpc.013862 Control of the pattern-recognition receptor EFR by an ER protein complex in plant immunity.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.262 Receptor quality control in the endoplasmic reticulum for plant innate immunity.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.263

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0519900`	寡糖转移酶（OST）复合物的催化亚基，该复合物催化将特定糖链（在真核生物中为Glc(3)Man(9)GlcNAc(2)）从脂质载体多烯二磷酸转移到新生多肽链中Asn-X-Ser/Thr共识序列的天冬酰胺残基上，这是蛋白质N-糖基化的第一步。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002502 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006487 protein N-linked glycosylation 生物过程

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0043687 post-translational protein modification 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0180058 protein co-translational transfer of dolichol-linked oligosaccharide 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0008250 oligosaccharyltransferase complex 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G19690

bta:507815

ddi:DDB_G0285159

dosa:Os05g0519900

mmu:16430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.826

排名 1 · LXL04_002502 · OH-1004

高尔基体0.101

排名 2 · LXL04_002502 · OH-1004

细胞质0.078

排名 3 · LXL04_002502 · OH-1004

细胞核0.070

排名 4 · LXL04_002502 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_002502 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02516.21STT325-428 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002502	`PF02516.21`	STT3	25	428	3.2e-104	350.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZY3`	拟南芥	Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A	85.863%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6F2Z1`	水稻	Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A	81.161%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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