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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_002463
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 49250163-49253107 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2655 bp · LXL04_002463|LXL04_002463|OH1004|cDNA

ATGGTTCAGgcttcttcttcttctttcttctttcaTTCGAACAAAAGCACCTCAATGGCAATGGAATGCGTGCCCCTGATTATCGGCACAATTTTTGAAATAACGAAGATGATTTTCAAGAGCACAAGCAATTCCGACTTGGGAGAGAGCATGGCGTCCATGACTAGGGCACTGCAAGAGCTGACGGAAGCAAGGAAAGACCTGGAAACTCAAGTCGAGCAGTCACAATTGCTGGGCCACCCTCCGACCAATCAAATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2655 bp · LXL04_002463|LXL04_002463|OH1004|CDS

ATGGTTCAGGCTTCTTCTTCTTCTTTCTTCTTTCATTCGAACAAAAGCACCTCAATGGCAATGGAATGCGTGCCCCTGATTATCGGCACAATTTTTGAAATAACGAAGATGATTTTCAAGAGCACAAGCAATTCCGACTTGGGAGAGAGCATGGCGTCCATGACTAGGGCACTGCAAGAGCTGACGGAAGCAAGGAAAGACCTGGAAACTCAAGTCGAGCAGTCACAATTGCTGGGCCACCCTCCGACCAATCAAATCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

884 aa · LXL04_002463|LXL04_002463|OH1004|PROTEIN

MVQASSSSFFFHSNKSTSMAMECVPLIIGTIFEITKMIFKSTSNSDLGESMASMTRALQELTEARKDLETQVEQSQLLGHPPTNQIKGWLERVASVEAEVGMIIEDIESVKQRNCYCCCNCNCGLRFKLSKMVRQKLMMINDLKEKNLNLNGANGGLIPPDMEVVPSGPTIGLDVMLERVHELLMEHDVATLGIYGMGGVGKTTLLKRINNELPQKLEFDVVIWAVASKDFVVEKIQQAIVARLGLSWDDNDTQEQRANR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_002463
TK1151 IDTkA01G458050
OH-1004 IDLXL04_002463
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.588 / OH-1004 90.724
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_002463
位置Chr01:49250163-49253107 (-)
描述Similar to RPS2: Disease resistance protein RPS2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g26090 疾病抗性（R）蛋白，能特异性识别来自铜绿假单胞菌（Pseudomonas syringae）的AvrRpt2 III型效应子致病蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g12220 抗病 蛋白，特异性识别来自丁香假单胞菌的 avrPphB III 型效应无毒蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g12280 抗病蛋白，可介导对细菌病原体番茄青枯假单胞菌（Pseudomonas syringae pv tomato）DC3000株及高毒性卵菌Hyaloperonospora arabidopsidis Noco2分离株的防御反应。
The MEKK1-MKK1/MKK2-MPK4 kinase cascade negatively regulates immunity mediated by a mitogen-activated protein kinase kinase kinase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097253
At4g10780 潜在的抗病蛋白。 暂无已核实直接文献
At5g63020 可能的疾病抗性蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0016045 detection of bacterium 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12220
ath:AT1G12280
ath:AT4G10780
ath:AT4G26090
ath:AT5G63020
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.593
排名 1 · LXL04_002463 · OH-1004
细胞质0.211
排名 2 · LXL04_002463 · OH-1004
细胞核0.170
排名 3 · LXL04_002463 · OH-1004
内质网0.073
排名 4 · LXL04_002463 · OH-1004
质体0.064
排名 5 · LXL04_002463 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931.29NB-ARC175-257 aa
PF00931.29NB-ARC249-311 aa
PF23559.2WHD_DRP397-463 aa
PF13855.13LRR_8517-577 aa
PF12799.14LRR_4542-580 aa
PF23598.2LRR_14543-833 aa
PF12799.14LRR_4565-597 aa
PF13855.13LRR_8567-619 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_002463PF00931.29NB-ARC1752571.1e-31110.5
LXL04_002463PF00931.29NB-ARC2493111.1e-31110.5
LXL04_002463PF23559.2WHD_DRP3974635.4e-1349.5
LXL04_002463PF13855.13LRR_85175771.5e-1557.4
LXL04_002463PF12799.14LRR_45425807.5e-1349.0
LXL04_002463PF23598.2LRR_145438334.4e-1556.0
LXL04_002463PF12799.14LRR_45655977.5e-1349.0
LXL04_002463PF13855.13LRR_85676191.5e-1557.4
LXL04_002463PF23247.2LRR_RPS26697855.4e-1453.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q42484拟南芥Disease resistance protein RPS244.163%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O64973拟南芥Disease resistance protein RPS535.023%Swiss-Prot中等数据库同源证据
P60838拟南芥Disease resistance protein SUMM234.160%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O82484拟南芥Putative disease resistance protein At4g1078033.671%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8RXS5拟南芥Probable disease resistance protein At5g6302032.276%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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