LXL04_002305 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002305

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 45817460-45819752 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1491 bp · LXL04_002305|LXL04_002305|OH1004|cDNA

ATGAAAGGAGTAGGAGGAGGCTACTTCTATGGGCTGAAGATGAATCAGCTCTCTCTCTTCTTCATCGTTTTTGTTTGTGCATCCATTGTAGTCTGGAATTGGGAGAAAACCCCTCGTCTTACAACTCTCCTTCCACCTCATGATCAATCGTTACATATTTTTCCAGAAGAATTGACAAGGGAACATATCACAGAAGTAAAAGACGATTTTAAGAAAGATGAACCCGTCATTAATACCCTCCCACCATCACTTTCAACAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · LXL04_002305|LXL04_002305|OH1004|CDS

ATGAAAGGAGTAGGAGGAGGCTACTTCTATGGGCTGAAGATGAATCAGCTCTCTCTCTTCTTCATCGTTTTTGTTTGTGCATCCATTGTAGTCTGGAATTGGGAGAAAACCCCTCGTCTTACAACTCTCCTTCCACCTCATGATCAATCGTTACATATTTTTCCAGAAGAATTGACAAGGGAACATATCACAGAAGTAAAAGACGATTTTAAGAAAGATGAACCCGTCATTAATACCCTCCCACCATCACTTTCAACAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

496 aa · LXL04_002305|LXL04_002305|OH1004|PROTEIN

MKGVGGGYFYGLKMNQLSLFFIVFVCASIVVWNWEKTPRLTTLLPPHDQSLHIFPEELTREHITEVKDDFKKDEPVINTLPPSLSTNTASFNTRQDETPTTQEIHHEKSDIIENSIPEENDGSKPFKPQLIASVTSHTTESAVSEQIDTPISNAENQVCNFGKGKWIPAENRPLYSGFGCKQWLSGMWACRLTQRTDFGYEKLKWQPKDCNIEDFTGPNFLKRMQHKTLAFVGDSLGRQQFQSLMCMVTGGEEMLDVEDV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002305`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002305

位置 Chr01:45817460-45819752 (-)

描述 Similar to TBL16: Protein trichome birefringence-like 16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20680`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At5g64020`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At2g37720`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At5g06230`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At3g06080`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002305 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37720

ath:AT3G06080

ath:AT5G06230

ath:AT5G20680

ath:AT5G64020

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.767

排名 1 · LXL04_002305 · OH-1004

内质网0.080

排名 2 · LXL04_002305 · OH-1004

细胞膜0.067

排名 3 · LXL04_002305 · OH-1004

细胞外0.059

排名 4 · LXL04_002305 · OH-1004

细胞质0.046

排名 5 · LXL04_002305 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14416.12PMR5N158-211 aa

PF13839.13PC-Esterase214-494 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002305	`PF14416.12`	PMR5N	158	211	1.3e-13	51.7
LXL04_002305	`PF13839.13`	PC-Esterase	214	494	3e-70	238.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K5L5`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 16	53.042%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WPS0`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 14	57.224%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80940`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 15	52.381%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFZ4`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 9	32.345%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LDG2`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 10	32.113%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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