LXL04_002303 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002303

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 45743490-45745640 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2070 bp · LXL04_002303|LXL04_002303|OH1004|cDNA

ATGTCCATTGTTAGTCGCCGCCGTTACCACTGCCTCCTCCTCCTCCTTTccattttccaaattttcccTCCATGTCTCTCCTTTCGTCACTCCCCCGCTGTTTCCCTCCTCCAGTTCAAAGAATCATTTTCCAAATCCGATTCTTTATCCAATTGGAAAGACGATGGATCCCACCCCTGCGACCCCAATAATGTGTGGATCGGAATCATATGTTCCGATGGCTTAATTAACACCATCAACCTCGCCGGCATGGATCTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2070 bp · LXL04_002303|LXL04_002303|OH1004|CDS

ATGTCCATTGTTAGTCGCCGCCGTTACCACTGCCTCCTCCTCCTCCTTTCCATTTTCCAAATTTTCCCTCCATGTCTCTCCTTTCGTCACTCCCCCGCTGTTTCCCTCCTCCAGTTCAAAGAATCATTTTCCAAATCCGATTCTTTATCCAATTGGAAAGACGATGGATCCCACCCCTGCGACCCCAATAATGTGTGGATCGGAATCATATGTTCCGATGGCTTAATTAACACCATCAACCTCGCCGGCATGGATCTCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

689 aa · LXL04_002303|LXL04_002303|OH1004|PROTEIN

MSIVSRRRYHCLLLLLSIFQIFPPCLSFRHSPAVSLLQFKESFSKSDSLSNWKDDGSHPCDPNNVWIGIICSDGLINTINLAGMDLRGQPDISTLESIDGLVTISLDGNSLVGPMPEINRLPSLKAFYAGGNLFSGVIPSDFFQTLGSLKKLWLQNNHFSGQIPISVGQLPNLKELHLEYNQFSGPIPEFSDPDVLINIDLSDNRLQGEIPKSLQKFDSQAFDNNADLCGGPLKECTPTQREEEDSTYRKSAIPWIILIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002303`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002303

位置 Chr01:45743490-45745640 (+)

描述 Similar to PRK6: Pollen receptor-like kinase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20690`	与其他花粉受体样激酶配合感应物种特异性引诱剂的关键受体。	Tip-localized receptors control pollen tube growth and LURE sensing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/nature17413 Structural basis for receptor recognition of pollen tube attraction peptides.2017 · DOI: 10.1038/s41467-017-01323-8
`At3g42880`	参与控制花粉萌发和花粉管极性生长的受体样激酶。	暂无已核实直接文献
`At4g31250`	可能的 LRR 类似受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g31250。	暂无已核实直接文献
`At5g35390`	受体样激酶参与花粉萌发和花粉管极性生长的控制。	AtPRK2 promotes ROP1 activation via RopGEFs in the control of polarized pollen tube growth.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss103

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002303 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0045177 apical part of cell 细胞组分

GO:0090404 pollen tube tip 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G42880

ath:AT4G31250

ath:AT5G20690

ath:AT5G35390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.882

排名 1 · LXL04_002303 · OH-1004

细胞质0.075

排名 2 · LXL04_002303 · OH-1004

内质网0.074

排名 3 · LXL04_002303 · OH-1004

细胞核0.052

排名 4 · LXL04_002303 · OH-1004

高尔基体0.019

排名 5 · LXL04_002303 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_235-72 aa

PF13855.13LRR_8137-183 aa

PF12799.14LRR_4148-185 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr416-619 aa

PF00069.32Pkinase416-679 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002303	`PF08263.18`	LRRNT_2	35	72	2.5e-06	28.4
LXL04_002303	`PF13855.13`	LRR_8	137	183	5.3e-07	30.0
LXL04_002303	`PF12799.14`	LRR_4	148	185	6.6e-08	33.3
LXL04_002303	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	416	619	1.5e-26	94.0
LXL04_002303	`PF00069.32`	Pkinase	416	679	7.1e-26	91.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3E991`	拟南芥	Pollen receptor-like kinase 6	44.231%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1L7`	拟南芥	Pollen receptor-like kinase 3	63.051%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0LGR9`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g31250	35.147%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGU0`	拟南芥	Pollen receptor-like kinase 1	34.407%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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