LXL04_002241 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002241

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 44514827-44515948 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1122 bp · LXL04_002241|LXL04_002241|OH1004|cDNA

ATGGGGAAGCTGATGCACAGGACCCAAATCCAGCACTCATCTCACCCGCATCTCCTACAACTATCATCATCCCATCATCTTCACAACCACCCTTCCGCCACCTGTGCCGGCTGCAACCACCAATTCTCTCCGGCAGAACACATCTACACCTGCACACCCTGCAACTTCTTCATCCATACCTCATGCTCCAAGTTTCCTGAGTTAATCACACACCCCGCCCATCCCAACCACTCCCTCTCCCTCCTCACCGCCCCCATCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1122 bp · LXL04_002241|LXL04_002241|OH1004|CDS

ATGGGGAAGCTGATGCACAGGACCCAAATCCAGCACTCATCTCACCCGCATCTCCTACAACTATCATCATCCCATCATCTTCACAACCACCCTTCCGCCACCTGTGCCGGCTGCAACCACCAATTCTCTCCGGCAGAACACATCTACACCTGCACACCCTGCAACTTCTTCATCCATACCTCATGCTCCAAGTTTCCTGAGTTAATCACACACCCCGCCCATCCCAACCACTCCCTCTCCCTCCTCACCGCCCCCATCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

373 aa · LXL04_002241|LXL04_002241|OH1004|PROTEIN

MGKLMHRTQIQHSSHPHLLQLSSSHHLHNHPSATCAGCNHQFSPAEHIYTCTPCNFFIHTSCSKFPELITHPAHPNHSLSLLTAPIYPGGFFSCDACAQHGTRFSYHCHTCDFDLHVLCASSPLRVTHPNHPHPLGLTFASPYGEKSGFSCDVCRRIGSGGQWLYRCVPCEFDVHLHCATAKAPSPPPALQHHHSLPAGGAPVAGQALSHSMSAGHVQSQWQPPQTSVPGSIQSYQRPTQSPAPVGGQFYQSPGQPPVPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002241`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002241

位置 Chr01:44514827-44515948 (-)

描述 Similar to At1g60420: Probable nucleoredoxin 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17740`	通过促进发育早期大液泡的形成，对于女性（大配子产生）和男性（小配子产生）配子体的发育都是必需的，可能通过调控囊泡融合实现。	暂无已核实直接文献
`At1g60420`	可能的硫醇-二硫键氧化还原酶，需要于花粉管生长和雌蕊中的花粉功能。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002241 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0002240 response to molecule of oomycetes origin 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005771 multivesicular body 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60420

ath:AT2G17740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.626

排名 1 · LXL04_002241 · OH-1004

细胞核0.368

排名 2 · LXL04_002241 · OH-1004

内质网0.125

排名 3 · LXL04_002241 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 4 · LXL04_002241 · OH-1004

溶酶体／液泡0.064

排名 5 · LXL04_002241 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03107.23C1_214-62 aa

PF03107.23C1_273-120 aa

PF03107.23C1_2130-179 aa

PF26235.1zf-KKT2_KKT3140-181 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002241	`PF03107.23`	C1_2	14	62	3.1e-29	101.8
LXL04_002241	`PF03107.23`	C1_2	73	120	3.1e-29	101.8
LXL04_002241	`PF03107.23`	C1_2	130	179	3.1e-29	101.8
LXL04_002241	`PF26235.1`	zf-KKT2_KKT3	140	181	3.6e-07	30.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NQN8`	拟南芥	Protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES	35.795%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O80763`	拟南芥	Probable nucleoredoxin 1	42.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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