LXL04_002226 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002226

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 44187105-44189332 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1858 bp · LXL04_002226|LXL04_002226|OH1004|cDNA

GTATAACAAAAACAGAAGCACCATAGAAGCCGGTTTTCCATCTCCCTCTCACTCTCTTATATATACATAACCTAACTTTATTTATTACACTCATTCCCATCTCATCTCTTTCTATTTTCATTAGATATTATTTATGGATACCATTAAATCTTTCAAGGGCTACGGGAAGGTAGATCCCGTCGAAGAACAAGCATTTCGCCAGAAAACCCGTAAGCGTCTCATCATCCTCATCGTCTCCGTAGTCCTACTCCTTGCTGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1725 bp · LXL04_002226|LXL04_002226|OH1004|CDS

ATGGATACCATTAAATCTTTCAAGGGCTACGGGAAGGTAGATCCCGTCGAAGAACAAGCATTTCGCCAGAAAACCCGTAAGCGTCTCATCATCCTCATCGTCTCCGTAGTCCTACTCCTTGCTGTCATAATCGGAGCCGTCGCCCGCACCGTCATTCACAACCGCAACAACGATGATGGTAAAGATGCTCCTTCCGCTCAGCTTTCCTCTGCCCAATCCATCAAGGCCGTCTGTAGCCAGACTCTGTATCCTGAATCTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

574 aa · LXL04_002226|LXL04_002226|OH1004|PROTEIN

MDTIKSFKGYGKVDPVEEQAFRQKTRKRLIILIVSVVLLLAVIIGAVARTVIHNRNNDDGKDAPSAQLSSAQSIKAVCSQTLYPESCYSSISELDKSNTTDPEDLLKLSLQVVFNSLSGLSSLPGELIKATSDDAAKEALRVCETVLDDAVDYLRDSISSMEVKSGQKLLSVTKIDDLKTWLSTALTHQDTCLDALEEMNSTVLADVKSKMQNSTEYASNSLAIVSKISGILGKFNLPIHRKLLGEFPEWVNPGVRRLLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002226`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002226

位置 Chr01:44187105-44189332 (-)

描述 Similar to MPE3: Pectinesterase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53840`	通过去甲基化果胶作用参与细胞壁的修饰（通过相似性推测）。	Methylation of protein phosphatase 2A-Influence of regulators and environmental stress factors.2017 · DOI: 10.1111/pce.13038
`At3g14300`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At5g04960`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At3g10710`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002226 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53840

ath:AT3G14300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.402

排名 1 · LXL04_002226 · OH-1004

细胞外0.317

排名 2 · LXL04_002226 · OH-1004

细胞质0.116

排名 3 · LXL04_002226 · OH-1004

溶酶体／液泡0.109

排名 4 · LXL04_002226 · OH-1004

内质网0.098

排名 5 · LXL04_002226 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04043.21PMEI73-224 aa

PF01095.26Pectinesterase267-559 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002226	`PF04043.21`	PMEI	73	224	2.8e-32	112.7
LXL04_002226	`PF01095.26`	Pectinesterase	267	559	8.1e-135	449.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q43867`	拟南芥	Pectinesterase 1	59.044%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUL8`	拟南芥	Putative pectinesterase/pectinesterase inhibitor 26	54.851%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FF78`	拟南芥	Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 46	45.955%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SG77`	拟南芥	Putative pectinesterase/pectinesterase inhibitor 24	44.578%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情