LXL04_002019 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002019

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 39714752-39715866 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

858 bp · LXL04_002019|LXL04_002019|OH1004|cDNA

ATGGAAGGAATTCGGCAGTTACCACACCATCTCTCTCCGCCGCCACTCACCGGAAAATGTTCCACACTCGGCAAAACCTCTCCATCTCACCAATCGATTCGAGTTGTTCAATCACAGTACAAACCGATTGCAAAACTTGAATTTTCTCCTTCGAAATCCGCCATTAAAGTGCATTTCCTCACGAAGAACAAAGGTCTAGGTCATAGTTCTTTTTCATCCGGTCCTCCTCGGGCCGGTTGGTTTCTAGGTCTgggtgagaa...

CDS

下载 CDS FASTA

858 bp · LXL04_002019|LXL04_002019|OH1004|CDS

ATGGAAGGAATTCGGCAGTTACCACACCATCTCTCTCCGCCGCCACTCACCGGAAAATGTTCCACACTCGGCAAAACCTCTCCATCTCACCAATCGATTCGAGTTGTTCAATCACAGTACAAACCGATTGCAAAACTTGAATTTTCTCCTTCGAAATCCGCCATTAAAGTGCATTTCCTCACGAAGAACAAAGGTCTAGGTCATAGTTCTTTTTCATCCGGTCCTCCTCGGGCCGGTTGGTTTCTAGGTCTGGGTGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

285 aa · LXL04_002019|LXL04_002019|OH1004|PROTEIN

MEGIRQLPHHLSPPPLTGKCSTLGKTSPSHQSIRVVQSQYKPIAKLEFSPSKSAIKVHFLTKNKGLGHSSFSSGPPRAGWFLGLGEKKKNITELPEIVKAGDPVLHEPAREVRPDEIGSERIQKIIDDMVKVMRAAPGVGLAAPQIGVPLKIIVLEDTEEYIGYAPKEETKAQNRQPFDLLASVIINPNLQKKGNKSALFFEGCLSVDGFRGMVERFLEVEVTGLDRYGQPITVVASGWQARILQHECDHLEGTLYVDKM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002019`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002019

位置 Chr01:39714752-39715866 (+)

描述 Similar to PDF1A: Peptide deformylase 1A, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15390`	去除新合成蛋白质 N 端 Met 的甲酰基。	Eukaryotic peptide deformylases. Nuclear-encoded and chloroplast-targeted enzymes in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1104/pp.127.1.97 Distinctive features of the two classes of eukaryotic peptide deformylases.2001 · DOI: 10.1006/jmbi.2001.5175

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0555800`	去除新合成蛋白质 N 端 Met 的甲酰基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002019 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0018206 peptidyl-methionine modification 生物过程

GO:0043687 post-translational protein modification 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0042586 peptide deformylase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15390

dosa:Os01g0555800

gvi:glr1729

mmu:68023

sly:544225

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.968

排名 1 · LXL04_002019 · OH-1004

线粒体0.048

排名 2 · LXL04_002019 · OH-1004

细胞核0.020

排名 3 · LXL04_002019 · OH-1004

细胞质0.019

排名 4 · LXL04_002019 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_002019 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01327.27Pep_deformylase96-263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002019	`PF01327.27`	Pep_deformylase	96	263	2.9e-48	164.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FV53`	拟南芥	Peptide deformylase 1A, chloroplastic/mitochondrial	76.329%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B6RGY0`	水稻	Peptide deformylase 1A, chloroplastic	70.769%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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