LXL04_001954 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001954

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 37913778-37915694 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1374 bp · LXL04_001954|LXL04_001954|OH1004|cDNA

ATGTCAAGCCAGACATATACACGTTTAAGAAAAATACAACTGCCTTTCCACCTATATATATTTCACATTCCTATTTCCTTACCCATTCATCTCACACACAGTGTTGGTCGCAAAGACAAGTGTACCCTTATCTCTTCCAAGATGCAAACACCAACAAACGTAaccataaagggcattttgggtaTTTTAATGGCAAGTCTCGATGAGAAAAACAAGAAGAAGGTAATCTCTTTAGGAATGGGAGACCCAACTACTTATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1374 bp · LXL04_001954|LXL04_001954|OH1004|CDS

ATGTCAAGCCAGACATATACACGTTTAAGAAAAATACAACTGCCTTTCCACCTATATATATTTCACATTCCTATTTCCTTACCCATTCATCTCACACACAGTGTTGGTCGCAAAGACAAGTGTACCCTTATCTCTTCCAAGATGCAAACACCAACAAACGTAACCATAAAGGGCATTTTGGGTATTTTAATGGCAAGTCTCGATGAGAAAAACAAGAAGAAGGTAATCTCTTTAGGAATGGGAGACCCAACTACTTATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

457 aa · LXL04_001954|LXL04_001954|OH1004|PROTEIN

MSSQTYTRLRKIQLPFHLYIFHIPISLPIHLTHSVGRKDKCTLISSKMQTPTNVTIKGILGILMASLDEKNKKKVISLGMGDPTTYSCFTTTDLVQDSVIQTLESRKFNGYSPTVGLPQTRKAISEYLSKDLPYKLTADDVYITAGCTQAIEVAISILARPNANILVPKPGFPIYELCAAFRNVEIRHFNLIPENNWEVNLDEVDTLVDHNTVAIVVINPGNPCGNVYSYQHLKKIAESAKKNRVVVIADEVYGHLAFGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001954`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001954

位置 Chr01:37913778-37915694 (-)

描述 Similar to At5g53970: Probable aminotransferase TAT2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53970`	可能的氨基转移酶 TAT2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0306401`	参与麦根酸家族植物铁载体的生物合成，该植物铁载体是禾本科植物因缺铁而产生的三价铁螯合剂。	Identification and localisation of the rice nicotianamine aminotransferase gene OsNAAT1 expression suggests the site of phytosiderophore synthesis in rice.2008 · DOI: 10.1007/s11103-007-9262-8

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001954 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006572 L-tyrosine catabolic process 生物过程

GO:0010189 vitamin E biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004838 L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity 分子功能

GO:0030170 pyridoxal phosphate binding 分子功能

GO:0033855 nicotianamine aminotransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:BAA87052

ag:BAA87053

ath:AT5G53970

dosa:Os02g0306401

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.407

排名 1 · LXL04_001954 · OH-1004

过氧化物酶体0.154

排名 2 · LXL04_001954 · OH-1004

质体0.130

排名 3 · LXL04_001954 · OH-1004

线粒体0.126

排名 4 · LXL04_001954 · OH-1004

细胞核0.122

排名 5 · LXL04_001954 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00155.28Aminotran_1_273-439 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001954	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	73	439	1.1e-56	193.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN30`	拟南芥	Probable aminotransferase TAT2	69.802%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0A0P0VI36`	水稻	Nicotianamine aminotransferase 1	53.652%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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