基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_001943
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 37646438-37657949
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA4023 bp · LXL04_001943|LXL04_001943|OH1004|cDNA
ATGATAAAGTTTGCAAAAACGGCATCCTTTTACGCATCATTGATTCTCATCATCCTGTTAACATCAGACGTTACATGTCGGGTTATACACGACACCACCTCCAACTTAATCTCAGATGGCACTAATACCGATCCAACTAGAGATAATCTCAAGACCTCATCTTTCTTACACCTCAAAGGAATCGATGATATTAATGAAGAACAACAACATTGTGAGCAAATGTATGGGTTTCTTCCATGTTCTGAAAACCTCATGGGCCA...
CDS
下载 CDS FASTA4023 bp · LXL04_001943|LXL04_001943|OH1004|CDS
ATGATAAAGTTTGCAAAAACGGCATCCTTTTACGCATCATTGATTCTCATCATCCTGTTAACATCAGACGTTACATGTCGGGTTATACACGACACCACCTCCAACTTAATCTCAGATGGCACTAATACCGATCCAACTAGAGATAATCTCAAGACCTCATCTTTCTTACACCTCAAAGGAATCGATGATATTAATGAAGAACAACAACATTGTGAGCAAATGTATGGGTTTCTTCCATGTTCTGAAAACCTCATGGGCCA...
1340 aa · LXL04_001943|LXL04_001943|OH1004|PROTEIN
MIKFAKTASFYASLILIILLTSDVTCRVIHDTTSNLISDGTNTDPTRDNLKTSSFLHLKGIDDINEEQQHCEQMYGFLPCSENLMGHLFLIVVYEYLLFHGESYVASGGKRIFQILGPGIFGASAFQVLGFLPESLILLVSGLSDTKDGAQEYVLTGVGLLAGSGILILTLLWGTCVMIGSRKFPSESGSIPSAIPNQNRLQKLLSLCTGSGVITDEETNHAAKIMVLSVIPFAFLLIPELFGAKITRGYVLTIALPISV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_001943 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_001943 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:37646438-37657949 (-) | |||||||||||||||
| 描述 | Similar to NCL2: Sodium/calcium exchanger NCL2 | |||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006814 sodium ion transport 生物过程 GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程 GO:0055074 calcium ion homeostasis 生物过程 GO:0070588 calcium ion transmembrane transport 生物过程 GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005773 vacuole 细胞组分 GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009506 plasmodesma 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 | |||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G53210 dosa:Os02g0247800 osa:4328874 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.719
内质网0.106
溶酶体／液泡0.102
细胞质0.096
高尔基体0.039
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13499.13EF-hand_7316-381 aaPF00036.39EF-hand_1317-343 aaPF13405.13EF-hand_6317-342 aaPF00036.39EF-hand_1357-381 aaPF13499.13EF-hand_7453-519 aaPF13202.13EF-hand_5456-478 aaPF01699.30Na_Ca_ex565-656 aaPF13499.13EF-hand_7942-1007 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_001943 | PF13499.13 | EF-hand_7 | 316 | 381 | 3.4e-37 | 127.3 |
| LXL04_001943 | PF00036.39 | EF-hand_1 | 317 | 343 | 3.6e-30 | 102.0 |
| LXL04_001943 | PF13405.13 | EF-hand_6 | 317 | 342 | 6.4e-24 | 82.1 |
| LXL04_001943 | PF00036.39 | EF-hand_1 | 357 | 381 | 3.6e-30 | 102.0 |
| LXL04_001943 | PF13499.13 | EF-hand_7 | 453 | 519 | 3.4e-37 | 127.3 |
| LXL04_001943 | PF13202.13 | EF-hand_5 | 456 | 478 | 8.9e-13 | 47.8 |
| LXL04_001943 | PF01699.30 | Na_Ca_ex | 565 | 656 | 4.1e-13 | 50.3 |
| LXL04_001943 | PF13499.13 | EF-hand_7 | 942 | 1007 | 3.4e-37 | 127.3 |
| LXL04_001943 | PF00036.39 | EF-hand_1 | 943 | 969 | 3.6e-30 | 102.0 |
| LXL04_001943 | PF13499.13 | EF-hand_7 | 1080 | 1145 | 3.4e-37 | 127.3 |
| LXL04_001943 | PF01699.30 | Na_Ca_ex | 1190 | 1334 | 4.1e-13 | 50.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。