LXL04_001918 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001918

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 36877328-36878903 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

462 bp · LXL04_001918|LXL04_001918|OH1004|cDNA

ATGGCGAACAGCAATCTACCTCGAAGAATTATCAAGGAAACTCAGCGGTTACTCAGCGAACCAGCTCCTGGGATAAGCGCATCGCCATCGGAAGATAACATGAGGTATTTCAATGTCATGATCCTTGGTCCTACACAATCTCCTTATGAAGGAGGCGTTTTCAAGCTGGAATTATTTTTGCCAGAAGAATATCCAATGGCTGCTCCCAAGGTTCGatttcttacaaaaatctaCCACCCCAACATTGACAAGCTTGGTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

462 bp · LXL04_001918|LXL04_001918|OH1004|CDS

ATGGCGAACAGCAATCTACCTCGAAGAATTATCAAGGAAACTCAGCGGTTACTCAGCGAACCAGCTCCTGGGATAAGCGCATCGCCATCGGAAGATAACATGAGGTATTTCAATGTCATGATCCTTGGTCCTACACAATCTCCTTATGAAGGAGGCGTTTTCAAGCTGGAATTATTTTTGCCAGAAGAATATCCAATGGCTGCTCCCAAGGTTCGATTTCTTACAAAAATCTACCACCCCAACATTGACAAGCTTGGTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

153 aa · LXL04_001918|LXL04_001918|OH1004|PROTEIN

MANSNLPRRIIKETQRLLSEPAPGISASPSEDNMRYFNVMILGPTQSPYEGGVFKLELFLPEEYPMAAPKVRFLTKIYHPNIDKLGRICLDILKDKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLSENIAKHWKSNEAEAVETAKEWTRLYASGA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001918`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001918

位置 Chr01:36877328-36878903 (+)

描述 Similar to UBC35: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78870`	催化通过“Lys-63”连接的非规范多聚泛素链的合成。	Arabidopsis thaliana UBC13: implication of error-free DNA damage tolerance and Lys63-linked polyubiquitylation in plants.2006 · DOI: 10.1007/s11103-006-0007-x A lysine-63-linked ubiquitin chain-forming conjugase, UBC13, promotes the developmental responses to iron deficiency in Arabidopsis roots.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04150.x
`At1g16890`	催化通过“Lys-63”连接的非规范多聚泛素链的合成。	Arabidopsis thaliana UBC13: implication of error-free DNA damage tolerance and Lys63-linked polyubiquitylation in plants.2006 · DOI: 10.1007/s11103-006-0007-x A lysine-63-linked ubiquitin chain-forming conjugase, UBC13, promotes the developmental responses to iron deficiency in Arabidopsis roots.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04150.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001918 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0010039 response to iron ion 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045739 positive regulation of DNA repair 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16890

ath:AT1G78870

mmu:93765

pon:100174607

rno:116725

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621

排名 1 · LXL04_001918 · OH-1004

细胞核0.507

排名 2 · LXL04_001918 · OH-1004

内质网0.070

排名 3 · LXL04_001918 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 4 · LXL04_001918 · OH-1004

高尔基体0.056

排名 5 · LXL04_001918 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00179.32UQ_con9-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001918	`PF00179.32`	UQ_con	9	145	7.2e-51	172.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94A97`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 35	99.346%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FZ48`	拟南芥	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 36	99.346%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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