LXL04_001906 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001906

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 36596268-36598017 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1347 bp · LXL04_001906|LXL04_001906|OH1004|cDNA

ATGCAAGCTTCTTCACTCTCATCTGATCATGGAAGTTCTTTCTGCAAATCAAAAGGGGTTCTTTCCTCACAGATGCTCCCTATCAAACCCAATTCACCAAGACATCTCAAGTACAACCACGCTTTCAGTTTCACCTCCTGCAATCGGCTCTCTGCAACACTCAATTCACCTTCCCAAACAAATCTAATCTCTCCGCCAATCACTCTATCATCGCGCCGGTGCAGCGGAATCAGTACCGGACGTTTTCAACCTCCAGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1347 bp · LXL04_001906|LXL04_001906|OH1004|CDS

ATGCAAGCTTCTTCACTCTCATCTGATCATGGAAGTTCTTTCTGCAAATCAAAAGGGGTTCTTTCCTCACAGATGCTCCCTATCAAACCCAATTCACCAAGACATCTCAAGTACAACCACGCTTTCAGTTTCACCTCCTGCAATCGGCTCTCTGCAACACTCAATTCACCTTCCCAAACAAATCTAATCTCTCCGCCAATCACTCTATCATCGCGCCGGTGCAGCGGAATCAGTACCGGACGTTTTCAACCTCCAGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

448 aa · LXL04_001906|LXL04_001906|OH1004|PROTEIN

MQASSLSSDHGSSFCKSKGVLSSQMLPIKPNSPRHLKYNHAFSFTSCNRLSATLNSPSQTNLISPPITLSSRRCSGISTGRFQPPVLCSNSSNSLSANDEIVENTGRSFRGWVELLGETISTAFPIWVALGCFLGLVRPNSYNWVQPKWTMMGITFTMLGMGMTLTFDDLKGALSMPKELFTGFFLQYSVMPLSAYFITRLLNLPSHYAAGLILVGCCPGGEYTLLPLFFHSLRFKSPKFPFLISGTASNIVTYIARGNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001906`
TK1151 ID	TkA01G499660
OH-1004 ID	LXL04_001906
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	60.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.041 / OH-1004 98.438 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001906

位置 Chr01:36596268-36598017 (-)

描述 Similar to BASS1: Probable sodium/metabolite cotransporter BASS1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78560`	可能作为钠偶联代谢物运输体在叶绿体外膜上发挥功能。	暂无已核实直接文献
`At2g26900`	钠偶联代谢物转运蛋白，在丙酮酸穿过叶绿体包膜的转运中起着至关重要的作用。	A plastidial sodium-dependent pyruvate transporter.2011 · DOI: 10.1038/nature10250

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0381100`	可能作为钠偶联代谢物运输体在叶绿体外膜上发挥功能。	暂无已核实直接文献
`Os01g0645200`	可能作为钠偶联代谢物运输体在叶绿体外膜上发挥功能。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001906 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006849 plasma membrane pyruvate transport 生物过程

GO:0098717 pantothenate import across plasma membrane 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015293 symporter activity 分子功能

GO:0050833 pyruvate transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78560

ath:AT2G26900

bsu:BSU19350

dosa:Os01g0645200

dosa:Os04g0381100

osa:4335634

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.981

排名 1 · LXL04_001906 · OH-1004

线粒体0.020

排名 2 · LXL04_001906 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 3 · LXL04_001906 · OH-1004

过氧化物酶体0.014

排名 4 · LXL04_001906 · OH-1004

细胞核0.013

排名 5 · LXL04_001906 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01758.22SBF152-223 aa

PF01758.22SBF246-352 aa

PF13593.12SBF_like251-440 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001906	`PF01758.22`	SBF	152	223	3.6e-33	115.6
LXL04_001906	`PF01758.22`	SBF	246	352	3.6e-33	115.6
LXL04_001906	`PF13593.12`	SBF_like	251	440	2.3e-12	47.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YR2`	拟南芥	Probable sodium/metabolite cotransporter BASS1, chloroplastic	62.415%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q1EBV7`	拟南芥	Sodium/pyruvate cotransporter BASS2, chloroplastic	39.943%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XVB3`	水稻	Probable sodium/metabolite cotransporter BASS1, chloroplastic	66.567%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VRB2`	水稻	Probable sodium/metabolite cotransporter BASS2, chloroplastic	42.265%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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