LXL04_001892 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001892

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 36314400-36321560 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4422 bp · LXL04_001892|LXL04_001892|OH1004|cDNA

ATGGAGCTTAATAACAATGAAGAGCCTAAAGAAGAGCTACCAAAGGAAAAGAAATGGTTAGGAAAGACAAACTTTGTAGAGTTTCGGTCATTTTGGCATGTTTTCAGAAGCTTTGATAGAATGTGGGCATTTCTTATTCTATCCCTTCAGGCACTGATAATTATGGCATGTCATGATCTTAGTTCACCACTACAAATGTTCGATACACCCATACTGGAAGACATCATGAGCATCTTTATCACATCAGCAGTTCTTAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

4422 bp · LXL04_001892|LXL04_001892|OH1004|CDS

ATGGAGCTTAATAACAATGAAGAGCCTAAAGAAGAGCTACCAAAGGAAAAGAAATGGTTAGGAAAGACAAACTTTGTAGAGTTTCGGTCATTTTGGCATGTTTTCAGAAGCTTTGATAGAATGTGGGCATTTCTTATTCTATCCCTTCAGGCACTGATAATTATGGCATGTCATGATCTTAGTTCACCACTACAAATGTTCGATACACCCATACTGGAAGACATCATGAGCATCTTTATCACATCAGCAGTTCTTAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1473 aa · LXL04_001892|LXL04_001892|OH1004|PROTEIN

MELNNNEEPKEELPKEKKWLGKTNFVEFRSFWHVFRSFDRMWAFLILSLQALIIMACHDLSSPLQMFDTPILEDIMSIFITSAVLKLVQAVLDIVFTWKARSTMEESRARKHSLKVVIATMWTILLPILYSKTRRKYTCHSSENGSWFGEWCYSSYMLAVGFYLMSNAGNMILFSVPAIGRYIETSNSKISSLLSWWTQPRLYVGRGMQESQFSLIKYSLFWMLLLLSKLAFSYTFEIKPLIGPTRQIMSLGITKYDWHE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001892`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001892

位置 Chr01:36314400-36321560 (+)

描述 Similar to CALS8: Putative callose synthase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14570`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At5g13000`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At1g05570`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	An Arabidopsis Callose Synthase, GSL5, Is Required for Wound and Papillary Callose Formation.2003 · DOI: 10.1105/tpc.016097
`At2g31960`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At1g06490`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001892 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006075 (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0010233 phloem transport 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0080165 callose deposition in phloem sieve plate 生物过程

GO:0000148 1,3-beta-D-glucan synthase complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009504 cell plate 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0003843 1,3-beta-D-glucan synthase activity 分子功能

GO:0046527 glucosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05570

ath:AT1G06490

ath:AT2G31960

ath:AT3G14570

ath:AT5G13000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.627

排名 1 · LXL04_001892 · OH-1004

内质网0.205

排名 2 · LXL04_001892 · OH-1004

细胞质0.113

排名 3 · LXL04_001892 · OH-1004

高尔基体0.110

排名 4 · LXL04_001892 · OH-1004

溶酶体／液泡0.098

排名 5 · LXL04_001892 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25968.1CALS1409-599 aa

PF02364.22Glucan_synthase606-693 aa

PF02364.22Glucan_synthase700-1289 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001892	`PF25968.1`	CALS1	409	599	1.8e-47	162.1
LXL04_001892	`PF02364.22`	Glucan_synthase	606	693	5.6e-213	710.3
LXL04_001892	`PF02364.22`	Glucan_synthase	700	1289	5.6e-213	710.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUD7`	拟南芥	Putative callose synthase 8	69.397%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXT9`	拟南芥	Callose synthase 3	55.843%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AUE0`	拟南芥	Callose synthase 1	54.990%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SL03`	拟南芥	Callose synthase 2	54.503%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SHJ3`	拟南芥	Callose synthase 7	53.920%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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