LXL04_001865 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001865

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 35335945-35348494 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5604 bp · LXL04_001865|LXL04_001865|OH1004|cDNA

ATGCAATCGGAACCAACTCCACACAAAGCCCTGCATCCAAGAAAACCTCCGGATCCAAACATCCAGAACACGAATTCATTACCCAAACCTGCCATGATTCAACGAAAAAGAAGATCATCAAGTCCAAACGGCCGCGATATAAGATCTGAAAATACCGCAAAACTAGCTCGTAATTCTGCAATTAAAGGTACGCAAAACATCACAGCATCCCTAATTGACAAACTAGATCCACGAGGACTCCTCAAACCTACTGAACCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

5604 bp · LXL04_001865|LXL04_001865|OH1004|CDS

ATGCAATCGGAACCAACTCCACACAAAGCCCTGCATCCAAGAAAACCTCCGGATCCAAACATCCAGAACACGAATTCATTACCCAAACCTGCCATGATTCAACGAAAAAGAAGATCATCAAGTCCAAACGGCCGCGATATAAGATCTGAAAATACCGCAAAACTAGCTCGTAATTCTGCAATTAAAGGTACGCAAAACATCACAGCATCCCTAATTGACAAACTAGATCCACGAGGACTCCTCAAACCTACTGAACCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1867 aa · LXL04_001865|LXL04_001865|OH1004|PROTEIN

MQSEPTPHKALHPRKPPDPNIQNTNSLPKPAMIQRKRRSSSPNGRDIRSENTAKLARNSAIKGTQNITASLIDKLDPRGLLKPTEPNTPTQDNTLLMNQTNQNTDTRISHDMNLDNQIPTIQPINNTTLEDMNTNTNTANYDTWFAFDHAKSLHTGNLRSKAKLQYFPPTNIEDNQSPVIIPIQLCEQANEKHANTLFGYFIGANPSFTTVRDHVKSKWAPCGITDIKRNGKGFYLFKFSTEQGMMNVLQSDHWMIKDVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001865`
TK1151 ID	TkA02G523900
OH-1004 ID	LXL04_001865
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	30.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.750 / OH-1004 50.455 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001865

位置 Chr01:35335945-35348494 (-)

描述 Similar to LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65750`	推定的核糖核酸酶H蛋白At1g65750。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001865 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0032197 retrotransposition 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003824 catalytic activity 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能

GO:0009036 type II site-specific deoxyribonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574

排名 1 · LXL04_001865 · OH-1004

细胞核0.323

排名 2 · LXL04_001865 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 3 · LXL04_001865 · OH-1004

线粒体0.048

排名 4 · LXL04_001865 · OH-1004

内质网0.041

排名 5 · LXL04_001865 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14111.13DUF4283190-273 aa

PF00078.33RVT_11287-1454 aa

PF13966.12zf-RVT1667-1751 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001865	`PF14111.13`	DUF4283	190	273	1.5e-16	60.6
LXL04_001865	`PF00078.33`	RVT_1	1287	1454	1.3e-16	61.8
LXL04_001865	`PF13966.12`	zf-RVT	1667	1751	3.7e-21	76.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C2F6`	拟南芥	Putative ribonuclease H protein At1g65750	34.061%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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