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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001847
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 34954633-34956465 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1833 bp · LXL04_001847|LXL04_001847|OH1004|cDNA

ATGATTGAGAATAATCAGTTAGGGGGTCTTTGGACCTCAACGGAACGAACATGTATCTATCTCCTCCAATACACCACCGCCACCAAAGTCCGCCTCCTCCAAATCCATGCTTTCATGCTTCGAAACTCTCTTTACAAGAATAAAAACATTCTTGCTAAATTCATCGCCACGTGTTCCTCCATAGCTGGTAAACGATTTACCACCTCATCTGAAGATGCAATCGATCTCATACGGCATGCCCGCAAACTGTTCGATCATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1833 bp · LXL04_001847|LXL04_001847|OH1004|CDS

ATGATTGAGAATAATCAGTTAGGGGGTCTTTGGACCTCAACGGAACGAACATGTATCTATCTCCTCCAATACACCACCGCCACCAAAGTCCGCCTCCTCCAAATCCATGCTTTCATGCTTCGAAACTCTCTTTACAAGAATAAAAACATTCTTGCTAAATTCATCGCCACGTGTTCCTCCATAGCTGGTAAACGATTTACCACCTCATCTGAAGATGCAATCGATCTCATACGGCATGCCCGCAAACTGTTCGATCATAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

610 aa · LXL04_001847|LXL04_001847|OH1004|PROTEIN

MIENNQLGGLWTSTERTCIYLLQYTTATKVRLLQIHAFMLRNSLYKNKNILAKFIATCSSIAGKRFTTSSEDAIDLIRHARKLFDHMPDEDDTFIGNTMMRAHLGIHQYDECLSLYRELKRRGSVKPDGYTFLTLAKLCSSSLDVWRGQQVHNHVVKEGFGHNMYVATSLVDMYSKLGQMNCAQKVFDEMPERSQVSWTALVSGYAKYGQIDNARMFFDQMPKKDTPAYNAMIDAYVKIGDMTNASSLFNKMLDKNVVSW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001847
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001847
位置Chr01:34954633-34956465 (+)
描述Similar to PCMP-E9: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g44880 含五重复肽序列的蛋白 At2g44880。 暂无已核实直接文献
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At2g45350 在叶绿体 RNA 编辑中发挥重要作用。
A pentatricopeptide repeat protein is a site recognition factor in chloroplast RNA editing.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m608184200
Two interacting proteins are necessary for the editing of the NdhD-1 site in Arabidopsis plastids.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.099507
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001847 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G29760
ath:AT2G44880
ath:AT2G45350
ath:AT3G29230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.710
排名 1 · LXL04_001847 · OH-1004
质体0.157
排名 2 · LXL04_001847 · OH-1004
细胞核0.048
排名 3 · LXL04_001847 · OH-1004
细胞质0.029
排名 4 · LXL04_001847 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_001847 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_292-139 aa
PF13041.13PPR_2194-225 aa
PF01535.27PPR196-224 aa
PF13041.13PPR_2225-257 aa
PF01535.27PPR228-257 aa
PF13041.13PPR_2255-287 aa
PF12854.14PPR_1256-283 aa
PF01535.27PPR258-287 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001847PF13041.13PPR_2921396.7e-68225.3
LXL04_001847PF13041.13PPR_21942256.7e-68225.3
LXL04_001847PF01535.27PPR1962245.4e-71230.7
LXL04_001847PF13041.13PPR_22252576.7e-68225.3
LXL04_001847PF01535.27PPR2282575.4e-71230.7
LXL04_001847PF13041.13PPR_22552876.7e-68225.3
LXL04_001847PF12854.14PPR_12562833e-43145.9
LXL04_001847PF01535.27PPR2582875.4e-71230.7
LXL04_001847PF13041.13PPR_22873316.7e-68225.3
LXL04_001847PF01535.27PPR2893165.4e-71230.7
LXL04_001847PF29070.1MSC6_N2923826.9e-1968.9
LXL04_001847PF13041.13PPR_23904356.7e-68225.3
LXL04_001847PF29070.1MSC6_N3904856.9e-1968.9
LXL04_001847PF01535.27PPR3924215.4e-71230.7
LXL04_001847PF13812.13PPR_33924351.7e-2383.2
LXL04_001847PF17177.11PPR_long4085041.3e-1248.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1PEU4拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g4488052.128%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LS72拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923033.389%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O82380拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic33.008%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O22137拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g45350, chloroplastic33.969%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LN01拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic34.831%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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