LXL04_001754 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001754

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 32531246-32534765 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2508 bp · LXL04_001754|LXL04_001754|OH1004|cDNA

ATGGCATCTGACTCTTCTCCGGTTAATACTCCCGGCGGACCTTCGtcaactgatgatggaataTCAAGTCCAATCGGGAACACATTTTCGTCTCCGAATACTACTCGCACCAGCCGTCGTAAGCGCGGTCGGCCGTCTGCGTCATTCAATACGCCGCCAGCACCACCATCTACCCGATTCAACAACACACCTGACCCTACCCCGACCCCTAATTCTGCTGCTCCCTCGTCGCGTCGTGGTGGCAGAGGGAGAGCCAGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2508 bp · LXL04_001754|LXL04_001754|OH1004|CDS

ATGGCATCTGACTCTTCTCCGGTTAATACTCCCGGCGGACCTTCGTCAACTGATGATGGAATATCAAGTCCAATCGGGAACACATTTTCGTCTCCGAATACTACTCGCACCAGCCGTCGTAAGCGCGGTCGGCCGTCTGCGTCATTCAATACGCCGCCAGCACCACCATCTACCCGATTCAACAACACACCTGACCCTACCCCGACCCCTAATTCTGCTGCTCCCTCGTCGCGTCGTGGTGGCAGAGGGAGAGCCAGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

835 aa · LXL04_001754|LXL04_001754|OH1004|PROTEIN

MASDSSPVNTPGGPSSTDDGISSPIGNTFSSPNTTRTSRRKRGRPSASFNTPPAPPSTRFNNTPDPTPTPNSAAPSSRRGGRGRASSIPPTPSTDDVPPSSEGGEEDEANGAPAMFVWGTSISVQDVNAAILRFLRHFREHPSHIEGKYMKAINHVIEVEGESLEVDANDVFDYDNDLYTKMVRYPLEVLAIFDIVLMDMVSRINPLFEKHIQARIFNMKTSTSMRNLNPSDIEKMVSVKGMVIRCSSIIPEIREAVFRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001754`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001754

位置 Chr01:32531246-32534765 (-)

描述 Similar to MCM4: DNA replication licensing factor MCM4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16440`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0544450`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006279 premeiotic DNA replication 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0033260 nuclear DNA replication 生物过程

GO:0044786 cell cycle DNA replication 生物过程

GO:1902975 mitotic DNA replication initiation 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16440

spo:2539164

xla:397843

xtr:448137

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.933

排名 1 · LXL04_001754 · OH-1004

细胞质0.134

排名 2 · LXL04_001754 · OH-1004

线粒体0.031

排名 3 · LXL04_001754 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_001754 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_001754 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14551.12MCM_N130-218 aa

PF17207.10MCM_OB225-354 aa

PF00493.30MCM413-635 aa

PF07728.21AAA_5470-586 aa

PF01078.28Mg_chelatase520-587 aa

PF17855.8MCM_lid651-737 aa

PF21128.6WHD_MCM4761-835 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001754	`PF14551.12`	MCM_N	130	218	1.2e-14	55.2
LXL04_001754	`PF17207.10`	MCM_OB	225	354	2.2e-41	141.3
LXL04_001754	`PF00493.30`	MCM	413	635	1.2e-100	336.0
LXL04_001754	`PF07728.21`	AAA_5	470	586	3.4e-07	31.0
LXL04_001754	`PF01078.28`	Mg_chelatase	520	587	2.6e-08	34.2
LXL04_001754	`PF17855.8`	MCM_lid	651	737	1.1e-26	93.8
LXL04_001754	`PF21128.6`	WHD_MCM4	761	835	2.9e-09	37.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WVF5`	拟南芥	DNA replication licensing factor MCM4	72.792%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JKB0`	水稻	DNA replication licensing factor MCM4	73.956%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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