LXL04_001651 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001651

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 30797415-30799079 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1131 bp · LXL04_001651|LXL04_001651|OH1004|cDNA

ATGGGGAGCTTGAATCCGCCTCCTGAGCTGAGTTTGGATTTCAAACCCACTTTTGTCCCTAAAACAATCTCTCAATTTCTACGACAAGTATCCACAATCGCTACGGATTCTGACAAAATATTGAAACTCGATGATTTTGTTAGCCAATTGGAAACCGAAATGCGGAAAATCGATGCCTTCAAACGGGAACTCCCTCTTTGCATGCTCCTCATTAATGATGCAATTATTACAGTGAAAGAGGATTTGACGGTGTTAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_001651|LXL04_001651|OH1004|CDS

ATGGGGAGCTTGAATCCGCCTCCTGAGCTGAGTTTGGATTTCAAACCCACTTTTGTCCCTAAAACAATCTCTCAATTTCTACGACAAGTATCCACAATCGCTACGGATTCTGACAAAATATTGAAACTCGATGATTTTGTTAGCCAATTGGAAACCGAAATGCGGAAAATCGATGCCTTCAAACGGGAACTCCCTCTTTGCATGCTCCTCATTAATGATGCAATTATTACAGTGAAAGAGGATTTGACGGTGTTAAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_001651|LXL04_001651|OH1004|PROTEIN

MGSLNPPPELSLDFKPTFVPKTISQFLRQVSTIATDSDKILKLDDFVSQLETEMRKIDAFKRELPLCMLLINDAIITVKEDLTVLKKSSNTEPILEEFIPLKNTCDEDAKLEDAMKEKGGGDKKNWLSTTQLWNNPNANQTQNWKPNSLTKKRTDEEEDGMIDDPYPAKAYIPYKGICGFTMVDEDREESPIPGLSLITPGIKNPPRGNLLLTKPNSNSNSRGVPCSSPNVQPIPPNQQTSRKQRRCWSTELHRRFVNAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001651`
TK1151 ID	TkA01G520320
OH-1004 ID	LXL04_001651
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001651

位置 Chr01:30797415-30799079 (+)

描述 Similar to EFM: Myb family transcription factor EFM

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g03500`	作为开花抑制子的转录因子，在叶脉中剂量依赖性地直接抑制FT表达。	暂无已核实直接文献
`At4g37180`	转录抑制因子，与ULT1一起在调节花分生组织稳态和花器官数量的通路中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g25550`	可能的转录因子，参与根中的磷信号传导。	暂无已核实直接文献
`At1g68670`	可能参与磷酸盐稳态的转录因子。	Arabidopsis MYB-Related HHO2 Exerts a Regulatory Influence on a Subset of Root Traits and Genes Governing Phosphate Homeostasis.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw063
`At1g49560`	可能的转录因子，参与根中的磷信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001651 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048449 floral organ formation 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0055062 phosphate ion homeostasis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G25550

ath:AT1G49560

ath:AT1G68670

ath:AT2G03500

ath:AT4G37180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.970

排名 1 · LXL04_001651 · OH-1004

细胞质0.092

排名 2 · LXL04_001651 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_001651 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_001651 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_001651 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26575.1HHO5_N11-82 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding245-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001651	`PF26575.1`	HHO5_N	11	82	5.8e-30	103.8
LXL04_001651	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	245	296	2.2e-08	34.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZQ85`	拟南芥	Myb family transcription factor EFM	40.059%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JRB0`	拟南芥	Transcription factor HHO5	37.621%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FPE8`	拟南芥	Transcription factor HHO3	37.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VZS3`	拟南芥	Transcription factor HHO2	33.626%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FX84`	拟南芥	Transcription factor HHO6	37.960%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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