LXL04_001647 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001647

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 30750744-30753023 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2280 bp · LXL04_001647|LXL04_001647|OH1004|cDNA

ATGAACCTCCTTAAACCCTACCGGAAAACTCTTCACTTCTCCACTCTTGCCTCCCTGACACCACCACAATCGGCACCTGATGTTCATCTCGTCGGAAAAACCATATCCATCCTCAAACGCCACCATTTAATCAACCTAGATCATCTATCGCCCCAATTTACTCCTCAATCAGCTTCTTATTTACTACTCCAGTCTCAATTTGACAAAACCCTAGTCCTACCATTCATCAATTGGGCTCGCCGACGCCCCTTCTTTGATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2280 bp · LXL04_001647|LXL04_001647|OH1004|CDS

ATGAACCTCCTTAAACCCTACCGGAAAACTCTTCACTTCTCCACTCTTGCCTCCCTGACACCACCACAATCGGCACCTGATGTTCATCTCGTCGGAAAAACCATATCCATCCTCAAACGCCACCATTTAATCAACCTAGATCATCTATCGCCCCAATTTACTCCTCAATCAGCTTCTTATTTACTACTCCAGTCTCAATTTGACAAAACCCTAGTCCTACCATTCATCAATTGGGCTCGCCGACGCCCCTTCTTTGATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

759 aa · LXL04_001647|LXL04_001647|OH1004|PROTEIN

MNLLKPYRKTLHFSTLASLTPPQSAPDVHLVGKTISILKRHHLINLDHLSPQFTPQSASYLLLQSQFDKTLVLPFINWARRRPFFDLRCSCLSLHILTRFKLYKTAQIIAEDVAINARGDENGELVFTCLKDTFSDCNSSSAVIDLLVKSYSNLKLVKRGLNTIHLAISHGYMPGVLSYNSVLDAIIRSNDPIKLAEDMYLHMIKVGVSPNVFTYNILIRGFCGVKNMEKGLEFFAEMQKNGCLPNVVTYNTLIDANCKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001647`
TK1151 ID	TkA01G520620
OH-1004 ID	LXL04_001647
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001647

位置 Chr01:30750744-30753023 (-)

描述 Similar to EMB2745: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At5g55840`	含五重复肽（Pentatricopeptide）蛋白 At5g55840。	暂无已核实直接文献
`At1g05670`	含五重复序列蛋白 At1g05670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g59900`	推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。	暂无已核实直接文献
`At1g63130`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63130。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001647 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05670

ath:AT5G39710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.842

排名 1 · LXL04_001647 · OH-1004

质体0.083

排名 2 · LXL04_001647 · OH-1004

细胞核0.052

排名 3 · LXL04_001647 · OH-1004

细胞质0.040

排名 4 · LXL04_001647 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_001647 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2174-223 aa

PF13812.13PPR_3174-220 aa

PF13812.13PPR_3205-256 aa

PF12854.14PPR_1207-239 aa

PF01535.27PPR213-243 aa

PF13041.13PPR_2215-259 aa

PF17177.11PPR_long228-332 aa

PF13812.13PPR_3235-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001647	`PF13041.13`	PPR_2	174	223	1.9e-185	601.7
LXL04_001647	`PF13812.13`	PPR_3	174	220	1.4e-89	294.9
LXL04_001647	`PF13812.13`	PPR_3	205	256	1.4e-89	294.9
LXL04_001647	`PF12854.14`	PPR_1	207	239	2e-145	472.9
LXL04_001647	`PF01535.27`	PPR	213	243	1.4e-115	370.5
LXL04_001647	`PF13041.13`	PPR_2	215	259	1.9e-185	601.7
LXL04_001647	`PF17177.11`	PPR_long	228	332	6.8e-47	160.3
LXL04_001647	`PF13812.13`	PPR_3	235	290	1.4e-89	294.9
LXL04_001647	`PF12854.14`	PPR_1	241	273	2e-145	472.9
LXL04_001647	`PF13041.13`	PPR_2	245	294	1.9e-185	601.7
LXL04_001647	`PF01535.27`	PPR	248	275	1.4e-115	370.5
LXL04_001647	`PF29070.1`	MSC6_N	249	336	1.7e-35	123.5
LXL04_001647	`PF13812.13`	PPR_3	269	327	1.4e-89	294.9
LXL04_001647	`PF12854.14`	PPR_1	277	309	2e-145	472.9
LXL04_001647	`PF13041.13`	PPR_2	280	329	1.9e-185	601.7
LXL04_001647	`PF01535.27`	PPR	283	312	1.4e-115	370.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	60.952%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LVQ5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g55840	28.696%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WVK7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05670, mitochondrial	27.428%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJE6`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900	28.021%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN0`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63130, mitochondrial	32.630%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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