LXL04_001532 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001532

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 28498052-28510102 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2958 bp · LXL04_001532|LXL04_001532|OH1004|cDNA

ATGGAAGATGAAGGTGTTGAAACAGCTTTGATTGAAGACGAGAAGAAAGTGTTGAAGGTTAGATCGAAAGGGGAAGCTAGGGATTGGACGGATGCTCTTCCGATTGGAAATGGGCGTCTTGGTGGTATGATTTGGGGCGGTGTTTCCTCTGAAGTTATCAATCTTAATGAACAAAACGAACGGAATCCAGGAATATTCCGGCGAGAAAAGAAACGCGATTCCGTTTGTAGATGCGGCCGTTTGTTGCAGGTTGCTCCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2958 bp · LXL04_001532|LXL04_001532|OH1004|CDS

ATGGAAGATGAAGGTGTTGAAACAGCTTTGATTGAAGACGAGAAGAAAGTGTTGAAGGTTAGATCGAAAGGGGAAGCTAGGGATTGGACGGATGCTCTTCCGATTGGAAATGGGCGTCTTGGTGGTATGATTTGGGGCGGTGTTTCCTCTGAAGTTATCAATCTTAATGAACAAAACGAACGGAATCCAGGAATATTCCGGCGAGAAAAGAAACGCGATTCCGTTTGTAGATGCGGCCGTTTGTTGCAGGTTGCTCCGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

985 aa · LXL04_001532|LXL04_001532|OH1004|PROTEIN

MEDEGVETALIEDEKKVLKVRSKGEARDWTDALPIGNGRLGGMIWGGVSSEVINLNEQNERNPGIFRREKKRDSVCRCGRLLQVAPARLERKLEQDSSSGSDLCRIQKRPRLLVCLFSRIVVEREDRRRRQYGVVDNSVVISTGGCDDSWFFTFNNDGLLVCLFSRIGSERQFAPNGLEEKKLARKSFTTVGAFYYKRVWCEGEAKDWTDALPIGNRRLGGMIWGGVFSEIINLNEDTLWTGSPGNYTNPDAPKALSEVR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001532`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001532

位置 Chr01:28498052-28510102 (+)

描述 Similar to FUC95A: Alpha-L-fucosidase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34260`	水解 α-1,2-连接的岩藻糖。	Identification of an Arabidopsis gene encoding a GH95 alpha1,2-fucosidase active on xyloglucan oligo- and polysaccharides.2008 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2008.03.024 AXY8 encodes an α-fucosidase, underscoring the importance of apoplastic metabolism on the fine structure of Arabidopsis cell wall polysaccharides.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.089193

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004560 alpha-L-fucosidase activity 分子功能

GO:0047513 1,2-alpha-L-fucosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ani:ANIA_08149

ath:AT4G34260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.505

排名 1 · LXL04_001532 · OH-1004

细胞核0.159

排名 2 · LXL04_001532 · OH-1004

细胞外0.122

排名 3 · LXL04_001532 · OH-1004

溶酶体／液泡0.118

排名 4 · LXL04_001532 · OH-1004

内质网0.106

排名 5 · LXL04_001532 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14498.13Glyco_hyd_65N_223-58 aa

PF14498.13Glyco_hyd_65N_2200-436 aa

PF22124.3Glyco_hydro_95_cat464-877 aa

PF21307.3Glyco_hydro_95_C880-968 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001532	`PF14498.13`	Glyco_hyd_65N_2	23	58	2.8e-74	250.7
LXL04_001532	`PF14498.13`	Glyco_hyd_65N_2	200	436	2.8e-74	250.7
LXL04_001532	`PF22124.3`	Glyco_hydro_95_cat	464	877	5e-177	589.6
LXL04_001532	`PF21307.3`	Glyco_hydro_95_C	880	968	3.9e-16	60.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7W8`	拟南芥	Alpha-L-fucosidase 2	63.990%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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