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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001469
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 27318309-27321893 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1785 bp · LXL04_001469|LXL04_001469|OH1004|cDNA

GGGTGTCACGTGTGTAGGCCATATGCTTTACGCCACTATAAAACCTTGCCGAGTTGGTTCAATGTTTTTACCCAACGCTAACATACCACGACTCGAGAGAGccaaagagagagagaaagagacgAAGGGCTCGTCTGCGAGTTCAGAAGGCCTGCAGATTCTTCTTCGACTTTAGCTTACATGGAGCTTGGATTACCGCTGGTGATTCATGACAACTATCATCTTTTTGTTTCCGCCGTTGCATTGCTGTTAGGTTTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1605 bp · LXL04_001469|LXL04_001469|OH1004|CDS

ATGGAGCTTGGATTACCGCTGGTGATTCATGACAACTATCATCTTTTTGTTTCCGCCGTTGCATTGCTGTTAGGTTTTGTTTTGCTGTACGGTTTGAGGTCGAATCTGAAAACGCGTCGTAAATCGAAGGAGATCTGGCGCAAATCTAGTAACAACTCCGGTAACGATGGATTGCAGTTGCCGGAGACTGATGGGAGCACTGACGTCATTATTGTTGGAGCCGGTGTTGCCGGTGCAGCTCTCGCTTGTACTCTTGCAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

534 aa · LXL04_001469|LXL04_001469|OH1004|PROTEIN

MELGLPLVIHDNYHLFVSAVALLLGFVLLYGLRSNLKTRRKSKEIWRKSSNNSGNDGLQLPETDGSTDVIIVGAGVAGAALACTLAKDGRRVHVIERDLTEPDRIVGELLQPGGYLKLIELGLQDCVDGIEAQQVFGYAIYMDGKNTKLSYPLEKFTSDISGRSFHNGRFIQQMREKAKTLPNLKMEQGTVTSLFEKDGIVNGVCYKTKDGQTLTAHAPLTIVCDGCFSNLRRSLCTPKVDVPSCFVGLVLENIDLPYAN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001469
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001469
位置Chr01:27318309-27321893 (-)
描述Similar to SQE1: Squalene monooxygenase SE1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g58440 可能催化角鲨烯立体特异性氧化为 (S)-2,3-环氧角鲨烯，参与甾醇生物合成。
Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200
Identification of the Arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant reveals a central role for sterols in drought tolerance and regulation of reactive oxygen species.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03849.x
Analysis of the arabidopsis dry2/sqe1-5 mutant suggests a role for sterols in signaling.2009 · DOI: 10.4161/psb.4.9.9425
At4g37760 可能催化角鲨烯立体特异性氧化为 (S)-2,3-环氧角鲨烯，参与甾醇生物合成。
Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200
At2g22830 催化角鲨烯立体专一性氧化生成（S）-2,3-环氧角鲨烯，被认为是类固醇生物合成中的限速酶。
Arabidopsis thaliana squalene epoxidase 1 is essential for root and seed development.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m611831200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001469 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009725 response to hormone 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0010038 response to metal ion 生物过程
GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程
GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程
GO:0046246 terpene biosynthetic process 生物过程
GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G58440
ath:AT2G22830
ath:AT4G37760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.437
排名 1 · LXL04_001469 · OH-1004
线粒体0.214
排名 2 · LXL04_001469 · OH-1004
细胞质0.146
排名 3 · LXL04_001469 · OH-1004
细胞膜0.102
排名 4 · LXL04_001469 · OH-1004
高尔基体0.101
排名 5 · LXL04_001469 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01494.26FAD_binding_367-377 aa
PF01266.31DAO68-98 aa
PF13450.13NAD_binding_871-97 aa
PF08491.17SE217-490 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001469PF01494.26FAD_binding_3673777e-1969.0
LXL04_001469PF01266.31DAO68983.9e-1040.5
LXL04_001469PF13450.13NAD_binding_871972.4e-0628.4
LXL04_001469PF08491.17SE2174909.2e-119396.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SM02拟南芥Squalene epoxidase 173.054%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8VYH2拟南芥Squalene epoxidase 372.414%Swiss-Prot强数据库同源证据
O81000拟南芥Squalene epoxidase 2, mitochondrial71.316%Swiss-Prot强数据库同源证据

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